Corso: RCB0300 - Tópicos em Biotecnologia III - Genética - 2024 | e-Disciplinas

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    Essa é a 8ª edição da disciplina de Tópicos em Biotecnologia III - Genética - com carga horária de 60 h. Pelo segundo ano consecutivo, a disciplina mantém seu formato tradicional, presencial em sua totalidade, como era realizado antes da pandemia.  

    Assim como nos três anos anteriores, a disciplina será organizada em dois módulos. Cada módulo abordará diferentes temas, proporcionando compreensão sobre análises genômicas em projeto de pesquisa, seja na área de expressão gênica diferencial, ou no desenvolvimento de vacina de mRNA. Ambos os tópicos apresentam inovações.

    No módulo I teremos uma inovação: será realizada a análise da resposta gênica diferencial frente ao tratamento de uma nova droga utilizada o ano passado, conhecida como sertralina. Essa droga é comumente prescrita como um antidepressivo e recentemente foi demonstrado pelo grupo da Profa Nilce Rossi, apresentar um potencial antifúngico. Para a turma deste ano, a expressão gênica diferencial será focada em outro grupo gênico denominado genes que codificam proteínas de transporte relacionadas à resistencia. Uma turma buscará por esses genes e a outra turma buscará por splicing alternativo nos mesmos genes. 

    Outras duas alterações realizadas no ano de 2023, serão mantidas: 1) as aulas práticas serão ministradas nas salas pró-aluno I ou II e 2) as aulas teóricas e práticas computacionais serão acompanhadas por um roteiro com atividades para serem realizadas pelos estudantes.

    No módulo II teremos uma inovação: as aulas práticas tem como objetivos desenvolver vacinas de mRNA diferentes. Um grupo desenvolverá vacina de mRNA com a proteína spike do virus original (SARS-CoV-2) e o outro grupo desenvolverá a vacina de mRNA com a proteína spike da cepa atual (uma linhagem da variante Ómicron).

    Os seminários também foram cuidadosamente selecionados, com quatro seminários apresentados em cada módulo. A maioria dos artigos selecionados estão associados aos temas abordados em cada módulo.

    As aulas serão realizadas duas vezes por semana, às quartas e sextas-feiras das 8:00 as 12:00 h. 

    Durante a disciplina, é fundamental o comprometimento e dedicação de cada estudante para aproveitar o máximo todo o conteúdo que a disciplina: Tópicos em Biotecnologia - Genética oferece.

    Para auxiliar os estudantes, contaremos com a orientação do Bioinformata: Dr. Pablo Sanches nos trabalhos de análise de transcriptomas.

    Contaremos ainda com a assistência de dois alunos PAE: Cleidy Mirela Mogollon e Gabriel Montenegro de Campos.

    Bom curso a todos!

    Aparecida M. Fontes ( aparecidamfontes@usp.br ) 

    Nilce M. Martinez rossi ( nmmrossi@usp.br )

    Coordenadores RCB0300 - versão 2024



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    A nota do Seminário de cada aluno levará em conta o preparo, apresentação e discussão de seu próprio Seminário, bem como o aprendizado dos alunos que o assistem.

    Após cada seminário TODOS os alunos responderão questões relacionadas ao seminário assistido.

    Textos para Seminários e data de apresentação:

    OBS: Salas do bloco didático (BD)

    Apresentação da Dinâmica dos Seminários, divisão dos mesmos e orientações gerais: (06/03 - SALA1B)
    P4. Seminário 1    : The Antidepressant Sertraline Affects Cell Signaling and Metabolism in Trichophyton rubrum (15/03/24 - 08:00 - 10:00 / SALA 1A).
    P4. Seminário 2: The hitchhikers’ guide to RNA sequencing and functional analysis (15/03/24 - 08:00 - 10:00 / SALA 1A).
    P9. Seminário 3: Changing Technologies of RNA Sequencing and Their Applications in Clinical Oncology (22/03/24-10:10 - 12:00 / SALA 2C).
    P9. Seminário 4: Single‐cell RNA sequencing in cancer research (22/03/24-10:10 - 12:00 / SALA 2C).
    P15. Seminário 5: mRNA vaccines in disease prevention and treatment (08/05/24-10:10 - 12:00 / SALA 2A).
    P15. Seminário 6: Race with virus evolution: The development and application of mRNA vaccines against SARS-CoV-2 (08/05/24-10:10 - 12:00 / SALA 2A).
    P17. Seminário 7: mRNA vaccines — a new era in vaccinology (10/05/24-10:10 - 12:00 / SALA 2A).
    P17. Seminário 8: Advances in COVID-19 mRNA vaccine development (10/05/24-10:10 - 12:00 / SALA 2A).

    * Abaixo seguem os artigos. Os slides serão anexados e devem ser enviados por e-mail no dia anterior à apresentação em formato PDF para os alunos PAE:

    • Cleidy Osorio (cleidy.osorio@usp.br)
    • Gabriel Montenegro (gabrielmdecampos@usp.br)
    Obrigad@!


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    Todas informações sobre avaliações, estarão disponíveis nesse tópico.

    Avaliação 1: 10/04/24 - 08:00-12:00 (SALA pró-aluno)

    Professores: AMF/NMR e alunos PAE COM/GMC


    Avaliação 2: 17/05/23 - 08:00-12:00 (SALA pró-aluno II)

    Professores: AMF/NMR e alunos PAE COM/GMC


    Recuperação :  31/07/24 - 08:00-12:00 (sala a definir)

    Professores: AMF/NMR e alunos PAE COM/GMC



    Alunos PAE: Cleidy Osorio Mogollon e Gabriel Montenegro de Campos

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    Data: 06 de Março (8:30 - 10:45)

    Sala: 1B BD

    Professora: Profa. Dra. Nilce Maria Martinez Rossi

    Objetivos: 

    • Controle de expressão gênica em procariotos e eucariotos
    • Fatores de transcrição
    • Tecnologias de Sequenciamento
    • Sequenciamento de RNA
    • Relevância da genômica para compreensão da variabilidade genética na resposta a drogas
    • Genes que codificam fatores de transcrição
    • Compreender a atuação de genes na resposta a drogas
    • Splicing alternativo

    Alunos PAE: Cleidy Osorio Mogollon e Gabriel Montenegro de Campos

    Argomento
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    Data: 06 de Março (11:00-12:00)

    Sala 1B 

    Professores: Prof. Dr. David De Jong e Prof. Dr. Jeremy Andrew Squire

    Objetivos: Orientação sobre a organização dos seminários e como as apresentações dos mesmos serão avaliadas:

    • Resumo dos artigos que serão utilizados;
    • Divisão dos grupos;
    • Duvidas e questionamentos sobre os seminários.


    Alunos PAE: Cleidy Osorio Mogollon e Gabriel Montenegro de Campos

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    Data: 08 de Março (08:00 - 10:00)

    SALA: Pró-Aluno

    Professores: Dr. Pablo R. Sanches, Profa. Dra. Nilce M. Rossi e Profa. Dra. Aparecida M. Fontes

    Objetivos: Ao longo da abordagem deste tópico os alunos deverão ser capazes de:

    • Conhecer os passos (pipeline) para a análise de RNA-Seq 
    • Conhecer os programas disponíveis para análises online dos mesmos

    Principais tópicos abordados:

    • Tipos de sequenciamento (single-end e paired-end);
    • Pipeline do RNA-seq;
    • Análise da qualidade do sequenciamento;
    • Processo de trimagem das reads;
    • Alinhamento das reads;
    • Expressão diferencial;
    • Enriquecimento funcional (identificar classes de genes que estão super-representadas em um grande conjunto de genes);
    • Principais softwares utilizados.

    Alunos PAE: Gabriel Montenegro de Campos e Cleidy Osorio Mogollon


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      01 - Conceitos Fundamentais - RNASeq File
      Condizioni per l'accesso: Appartenere al gruppo T-RCB0300-20241T1
    • Icona URL
      Overview of Illumina Sequencing by Synthesis Workflow URL

      Explore the Illumina next-generation sequencing workflow, including sequencing by synthesis (SBS) technology, in 3-dimensional detail. Go from sample preparation, to cluster generation, to sequencing on a system flow cell with the proprietary SBS process, through to data analysis on the BaseSpace Sequence Hub. #Illumina #sequencingbysynthesis #nextgensequencing

    Argomento
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    Data: 08 de Março (10:10 -12:00)

    SALA: Pró-Aluno

    Professores: Dr. Pablo R. Sanches, Profa. Dra. Nilce M. Rossi e Profa. Dra. Aparecida M. Fontes

    Objetivos: Ao longo da abordagem deste tópico os alunos deverão ser capazes de:

    • Conhecer a linhagem de dermatófito utilizado - Trichophyton rubrum CBS 118892, condições de cultivo com e sem SRT (3 e 12h), extração de RNA, sequenciamento;
    • Conhecer e instalar os bancos de dados que serão usados;        
    • Instalar os programas que serão utilizados;
    • Definir o número de amostras em cada biblioteca;
    • Conhecer os principais comandos para buscar informações sobre as características das sequências depositadas.
    • Dividir a turma em dois grupos para apresentação dos resultados.

    Etapa 1: Análise da qualidade do sequenciamento

    1. FASTQC – 1ª rodada (análise de qualidade “pré-trimagem”) .

    2. Trimmomatic (“trimagem” de adaptadores e regiões de má qualidade). 

    3. FASTQC – 2ª rodada (análise de qualidade “pós-trimagem”). 

    4. Comparação dos resultados obtidos nas 1ª e 2ª rodadas 5. Desenvolvimento da tabela de resultados.


    Alunos PAE: Gabriel Montenegro de Campos e Cleidy Osorio Mogollon

    Argomento
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    Data: 13 de Março (8:00 - 10:00)

    SALA: Pró-aluno

    Professores: Dr. Pablo R. Sanches, Profa. Dra. Nilce M. Rossi e Profa. Dra. Aparecida M. Fontes

    Objetivos: Ao longo da abordagem deste tópico os alunos deverão ser capazes de:

    • Demonstrar os relatórios de qualidade do sequenciamento;
    • Aplicar algoritmos para filtro e remoção de adaptadores.
    • Criar uma tabela contendo a identificação das amostras, a quantidade de reads (leituras) antes e após aplicação do processo.
    • Responder questões no moodle.


    Etapas para análise da qualidade do sequenciamento:
    • Dados brutos no formato fastq;
    • Pré-trimagem: identificar contaminantes e análise do relatório de qualidade gerado;
    • Trimmomatic: Retirar regiões similares as sequências de adaptadores;  retirar regiões com escore mínimo de qualidade e eliminar reads de tamanho mínimo;
    • FASTQC: Comparar a qualidade do sequenciamento após processo de trimagem.

    Alunos PAE: Cleidy Osorio Mogollon e Gabriel Montenegro de Campos

    Argomento
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    Data: 13 de Março (10:10 - 12:00)

    SALA: Pró-aluno

    Professores: Dr. Pablo R. Sanches, Profa. Dra. Nilce M. Rossi e Profa. Dra. Aparecida M. Fontes

    Objetivos: Ao longo da abordagem deste tópico os alunos deverão ser capazes de:

    • Aplicar algoritmos para indexação do genoma de referência e mapeamento das reads (leituras) contra o genoma de referência; 
    • Ao final, criar uma tabela contendo a quantidade e o percentual de reads mapeadas por amostra.
    • Responder questões no moodle.

    Roteiro da análise:
    • Enviar arquivos do genoma para o Galaxy;
    • RNA STAR (mapeamento das bibliotecas de leituras contra o genoma de referência);
    • Finalizar a tabela de resultados sobre as características gerais das bibliotecas sequenciadas.

    Alunos PAE: Cleidy Osorio Mogollon e Gabriel Montenegro de Campos

    Argomento
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    Data: 15 de Março (10:10 - 12:00)

    SALA: Pró-aluno 

    Professores: Dr. Pablo R. Sanches, Profa. Dra. Nilce M. Rossi e Profa. Dra. Aparecida M. Fontes

    Objetivos: Ao longo da abordagem deste tópico os alunos deverão ser capazes de:

    • Aplicar algoritmos para indexação do genoma de referência e mapeamento das reads (leituras) contra o genoma de referência; 
    • Ao final, criar uma tabela contendo a quantidade e o percentual de reads mapeadas por amostra.
    • Responder questões no moodle.

    Conceitos abordados:
    • Contagem das leituras mapeadas no genoma de referência.
    • Renomear arquivos mapped.bam no Galaxy (saída do software RNA STAR);
    • StringTie (quantificação da transcrição) ;
    • Obter arquivo de contagem das leituras mapeadas por Gene.

    Alunos PAE: Gabriel Montenegro de Campos e Cleidy Osorio Mogollon

    Argomento
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    Data: 20 de março (8:00 - 10:00)

    SALA: Pró-aluno II

    Professores: Dr. Pablo R. Sanches, Profa. Dra. Nilce M. Rossi e Profa. Dra. Aparecida M. Fontes

    Objetivos: Ao longo da abordagem deste tópico os alunos deverão ser capazes de:

    • Manipular algoritmos de contagem de reads (leituras) mapeados em cada gene.
    • Responder questões no moodle.


    Conceitos abordados:

    • Normalização: como os genes se expressam diferencialmente em diferentes condições;
    • Normalização RNA-seq: comprimento das diferentes moléculas de RNAs; profundidade do sequenciamento de diferentes; bibliotecas e composição de RNA;
    • Renomear arquivos Gene counts no Galaxy.
    • DESeq2 (normalização e calculo da expressão diferencial) --> tratamento vs. controle
    • Obtenção dos resultados: 
    • PCA;
    • Distância entre amostras;
    • Dispersão;
    • Histograma de p valor;
    • Genes significativamente DE;
    • Tabelas de genes significativamente DE.


    Alunos PAE: Cleidy Osorio Mogollon e Gabriel Montenegro de Campos


    Argomento
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    Data: 20 de março (10:10 - 12:00)

    SALA: Pró-aluno II 

    Professores: Dr. Pablo R. Sanches, Profa. Dra. Nilce M. Rossi e Profa. Dra. Aparecida M. Fontes

    Objetivos: Ao longo da abordagem deste tópico os alunos deverão ser capazes de:

    • Conhecer e aplicar métodos de normalização dos dados de expressão gênica.


    Conceitos abordados e roteiro:
    • Fazer o download dos relatórios DESeq2;
    • Abrir arquivos no Excel;
    • Aplicar filtros (padj e log2fc);
    • Classificar lista de genes.

    Alunos PAE: Cleidy Osorio Mogollon e Gabriel Montenegro de Campos

    Argomento
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    Data: 22 de março (8:00 - 10:00)

    SALA: Pró-aluno II

    Professores: Dr. Pablo R. Sanches, Profa. Dra. Nilce M. Rossi e Profa. Dra. Aparecida M. Fontes

    Objetivos: Ao longo da abordagem deste tópico os alunos deverão ser capazes de:

    • Comparar as condições/amostras por meio da construção de gráficos de Análise do Componente Principal (PCA) e distância entre amostras.


    Alunos PAE: Gabriel Montenegro de Campos e Cleidy Osorio Mogollon



    Argomento
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    Data: 03 de abril (8:00 - 10:00)

    SALA: Pró-aluno II

    Professores: Dr. Pablo R. Sanches, Profa. Dra. Nilce M. Rossi e Profa. Dra. Aparecida M. Fontes

    Objetivos: Ao longo da abordagem deste tópico os alunos deverão ser capazes de:

    • Utilizar algoritmos para identificação dos genes diferencialmente expressos; 
    • Conhecer as análises de expressão gênica global utilizando diagrama de Venn: https://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/  
    • Conhecer a busca de informações no banco de dados Gene Ontology: http://geneontology.org/
    • Compreender os passos para a análise de genes diferencialmente expressos utilizando o banco FungiFun e a classificação GO: https://sbi.hki-jena.de/fungifun/fungifun.php

    Questões: examplo:

    • Em uma análise inicial sobre o panorama geral, há diferença na quantidade de genes diferencialmente expressos por categoria do GO quando comparado os dois tempos (2 e 12 hs)? Quais as similaridades? Quais as diferenças?
    • Há diferença na análise do panorama geral conforme o tipo de classificador utilizado: GO ou FunCat? Quais as diferenças e similaridades observadas nos tempos de 3 e 12 horas utilizando esses dois classificadores?

    Alunos PAE: Cleidy Osorio Mogollon e Gabriel Montenegro de Campos

    Argomento
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    Data: 03 de abril (10:10 - 12:00)

    SALA: Pró-aluno II

    Professores: Dr. Pablo R. Sanches, Profa. Dra. Nilce M. Rossi e Profa. Dra. Aparecida M. Fontes

    Objetivos: Ao longo da abordagem deste tópico os alunos deverão ser capazes de:

    • Examinar os genes de interesse em resposta a presença de drogas.

    Tópicos abordados:
    • Importância do cuidado sobre o estabelecimento do desenho experimental;
    • Importância da realização do experimento em triplicata;
    • Avaliação das similaridades entre as amostras por meio de gráficos da análise de componentes principais;
    • Selecionar alguns genes diferencialmente expressos e validar por RT-PCR em tempo real;
    • Revisão sobre os dois tipos de biblioteca de segunda geração: single-ended versus paired-end. No primeiro caso apenas uma das extremidades do fragmento de DNA é sequenciada e no segundo caso ambas as extremidades do fragmento de DNA são sequenciadas;
    • Revisão dos passos de análise dos dados de RNAseq utilizando a plataforma Galaxy;
    • Uso do site: http://www.heatmapper.ca/expression/ para construção do heatmap;
    • Uso do site: https://www.ebi.ac.uk/interpro/ para análise de domínios proteicos;
    • Uso do site : https://string-db.org/ para análise de interação entre proteínas. Ele permite realizar a busca em Tricophyton;
    • Uso do site: https://www.genenames.org/para encontrar a sigla oficial de determinado gene em humanos;
    • Uso do site: https://pfam.xfam.org/ para análise de famílias de proteínas por meio de cadeia de Markov escondida. Realiza o alinhamento de sequência de proteínas associadas. É uma análise mais aprofundada de análise de similaridade quando comparada com o blast, pois não avalia somente a sequência, mas também a similaridade em relação a estrutura de determinado domínio.

    Alunos PAE: Cleidy Osorio Mogollon e Gabriel Montenegro de Campos

    Argomento
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    Data: 05 de abril (8:00 - 12:00)

    SALA: 1A BD

    Professores: Profa. Dra. Aparecida M. Fontes, Profa. Dra. Nilce M. Rossi  e Dr. Pablo R. Sanches

    Objetivos: Ao longo da abordagem deste tópico os alunos deverão ser capazes de:

    • Apresentação clara e objetiva dos resultados obtidos e contextualizando com os dados da literatura.

    Observação:
    • A Turma A irá apresentar no horário que corresponde das 8:00 às 10:00;
    • A Turma B irá apresentar no horário que corresponde das 10:10 às 12:00.


    Alunos PAE: 

    Turma A: Cleidy Osorio Mogollon

    Turma B: Gabriel Montenegro de Campos


    Argomento
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    Data: 12 de Abril (9:00 - 11:00)

    Sala: 2C BD

    Professor: Prof. Dr. Wilson A. da Silva Jr

    Objetivos: 

    • Compreender as implicações das mutações germinativas e somáticas nos genes BRCA1, BRCA2 e PALB2; 
    • Relevância das mesmas nos programas de teste genômico em tumores.


    Alunos PAE: Cleidy Osorio Mogollon e Gabriel Montenegro de Campos

    Argomento
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    Data: 12 de Abril (10:40 - 12:00)

    Sala: 2C BD

    Professora: Profa. Dra. Aparecida M. Fontes 

    Objetivos: Ao longo da abordagem deste tópico os alunos deverão ser capazes de:

    • Compreender os diferentes tipos de vacina para prevenção da infeção por SARS-CoV-2 com foco diferencial em vacinas de mRNA


    Alunos PAE: Cleidy Osorio Mogollon e Gabriel Montenegro de Campos

    Argomento
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    Data: 03 de Maio (8:00 - 10:00)

    Sala: 1D BD

    Professora: Dra. Tathiane Malta

    Objetivos: 

    • Compreender as ferramentas computacionais para identificar alvos moleculares no virus SARS-CoV-2, facilitando o desenvolvimento e a otimização de vacinas.


    Alunos PAE: Gabriel Montenegro de Campos e Cleidy Osorio Mogollon

    Argomento
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    Data: 03 de maio (10:10 - 12:00)

    SALA: Sala Pró-Aluno

    Professora: Profa. Dra. Aparecida M. Fontes

    Objetivos: metas de aprendizagem para a primeira aula prática sobre vacina de mRNA contra SARS-CoV-2:

    • Conhecer o banco de dados GISAID e a riqueza de informações sobre genomas virais com foco no virus SARS-CoV-2;
    • Compreender a evolução do vírus SARS-CoV-2
    • Conhecer os genomas do virus virais original (Wuham) e da linhagem viral mais prevalente atual (JN.1);
    • Identificar as diferenças entre ambos os genomas, incluindo o tamanho completo e as mutações da proteína spike da linhagem viral atual;
    • Localizar a região da proteína spike nos genomas virais;
    • Utilizar o software Primer Show para traduzir as sequencias da proteína spike em ambos genomas virais;
    • Determinar as posições das mutações K986P e V987P que foram adicionadas das proteínas virais das vacinas de mRNA da Pfizer e Moderna;
    • Localizar no cDNA da proteína spike da linhagem viral atual, as posições das mesmas mutações e que agora serão K982P e V983P;
    • Criar dois documentos do word: um com o cDNA da proteina spike do virus referencia contendo as duas mutações missense acima mencionadas.


    Alunos PAE: Gabriel Montenegro de Campos e Cleidy Osorio Mogollon



    Argomento
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  • 22

    Data: 08 de Maio (8:00 - 10:00)

    SALA: Pró-Aluno

    Professora: Profa. Dra. Aparecida M. Fontes

    Objetivos: metas de aprendizagem para a segunda aula prática sobre vacina de mRNA contra SARS-CoV-2:

      • Conhecer o site HUGO Gene Nomenclature Committee  (https://www.genenames.org) - contém informações sobre a nomenclatura oficial de cada gene humano: hemoglobin subunit beta (HBB) e hemoglobin subunit alpha 1 (HBA1). Conheça suas respectivas localizações cromossômicas;
      • Conhecer o site NCBI/ gene (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene). Coloque a sigla oficial de cada gene e conheça as principais informações sobre transcrito maduro e o número de isoformas do respectivo gene;
      • Conhecer o site OMIM (https://www.omim.org/) - Catálogo de Genes Humanos e Doenças Genéticas;
      • Conhecer o site GeneCards (https://www.genecards.org/) - Informações detalhadas sobre cada um dos genes humanos de interesse;
      • No site https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene digitar o código referencia de cada gene HBA1:NM_000558.5  e HBB: NM_000518.5 e obter as seguintes informações: 1) tamanho do RNA mensageiro; 2) tamanho da região 5'UTR; 3) tamanho da região codificadora e 4) tamanho da região 3'UTR;
      • Em um documento do word coloque as respectivas sequências 5'UTR e 3'UTR e adicione junto ao cDNA contendo o cDNA da proteína spike de interesse com as duas mutações missense 2P;
      • Determine o tamanho de sua molécula de mRNA que codifica a proteína spike e contem as regiões 5'UTR e 3'UTR ou do gene da alfa globina ou do gene da beta globina;
      • Utilize o software ViennaRNA Web Services - http://rna.tbi.univie.ac.at/ (RBAfold Server) e determine a estrutura secundária das respectivas regiões 5'UTR e 3'UTR e a energia livre, que é uma medida da estabilidade da estrutura secundária das respectivas regiões;
      • Utilize o software ViennaRNA Web Services - http://rna.tbi.univie.ac.at/ (RBAfold Server) e determine a estrutura secundária da vacina de mRNA e a energia livre, que é uma medida da estabilidade da estrutura secundária das respectivas vacinas de mRNA;
      • Utilize diferentes cores para identificar na estrutura secundária da molécula de mRNA as regiões 5'UTR, codificadora, mutações missense e 3'UTR;
      •  Utilize o Codon Optimization Tool da IDT (https://www.idtdna.com/pages/tools/codon-optimization-tool) e faça a otimização de códons da região codificadora. Lembre-se as regiões 5'UTR e 3'UTR nao devem ser incluidas na otimização de codons;
      • Utilize o software ViennaRNA Web Services - http://rna.tbi.univie.ac.at/ (RBAfold Server) e determine a estrutura secundária e a energia livre da molecula de mRNA relativa à vacina após a otimização de códons;
      • Explorar o site da IDT codon optimization Tool ou o banco de dados genomicos do NCBI ou Esnseml para obter informações do enriquecimento CG após a otimização de códons. 

    Alunos PAE: Gabriel Montenegro de Campos e Cleidy Osorio Mogollon



    Argomento
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    Data: 10 de maio (08:00 - 10:00)

    SALA:  Pró-aluno II

    Professora: Profa. Dra. Aparecida M. Fontes

    Objetivos: Análise da Imunogenicidade das respectivas moléculas de mRNA por meio do banco IEDB.

    Metas de aprendizagem para a terceira aula prática sobre vacina de mRNA contra SARS-CoV-2:

      • Conhecer a ferramenta https://web.expasy.org/translate/ da plataforma ExPasy (Expert Protein Analysis System) um banco de bioinformática mantido pelo Instituto Suíço de Bioinformática que permite converter o cDNA em sequência de aminoácidos. Faça a tradução das duas vacinas de mRNA, antes e após a adição das mutações 2P. Observação: tenha certeza de colar apenas a partir do códon de iniciação até o stop codon;
      • Coloque a sequência de aminoácidos em um documento do word. Lembre-se: sempre utilize fonte courier new, tamanho 10 e margens estreitas. Colorir em azul a região do domino RBD (319-537), para o virus SARS-CoV-2 original) e em vermelho a região da mutação 2P;
      • Conhecer o site IEDB Immune Epitope Database & Tools (https://www.iedb.org) - contém um catálogos de epítopos de linfócitos B e T estudados em humanos e outras espécieis animais no contexto de doenças infecciosas. 
      • Conhecer a ferramenta do IEDB que permite fazer a predição de epítopos de anticorpos: http://tools.iedb.org/bcell/. Determinar a predição de epítopos da proteína spike codificada por ambas vacinas de mRNA, antes e após a adição das mutações missense 2P. Pergunta: há diferença no número de epítopos?;
      •  Conhecer a ferramenta do IEDB que permite fazer a predição de epítopos de MHC classe I: http://tools.iedb.org/mhci/. Coloque a sequencia da proteína spike e clique em Select HLA allele reference set e em seguida clique em submit;
      • Você obterá uma tabela com 8 informações sobre cada epítopo. Primeiro considere a informação da última coluna, a qual mostra a afinidade de ligação de cada epítopo a um determinado alelo de MHC-I. Selecione um epítopo com 100% de afinidade e que pertença à região do receptor (RBD) e responda às seguintes perguntas: a) qual o tamanho do epitopo?; b) qual a sequência de aminoácidos?; c) esse epítopo é ligante de qual alelo de MHC-I?
      • Conhecer a ferramenta do IEDB que permite fazer a predição de epítopos de MHC classe II: http://tools.iedb.org/mhcii/. Coloque a sequência da proteína spike e clique em Select full HLA allele set  e em seguida clique em submit;
      • Você obterá uma tabela com 9 informações sobre cada epítopo. Primeiro considere a informação da última coluna, a qual mostra a afinidade de ligação de cada epítopo a um determinado alelo de MHC-II. Selecione um epítopo com 100% de afinidade e que pertença à região do receptor (RBD) e responda às seguintes perguntas: a) qual o tamanho do epitopo?; b) qual a sequência de aminoácidos?; c) esse epítopo é ligante de qual alelo de MHC-II?


    Alunos PAE: Gabriel Montenegro de Campos e Cleidy Osorio Mogollon

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    Data: 15 de maio (08:00 - 10:00)

    SALA: AB

    Professora: Profa. Dra. Aparecida M. Fontes e Profa. Dra. Nilce M. Rossi

    Objetivos: Ao longo da abordagem deste tópico os alunos deverão ser capazes de:

    • Apresentação clara e objetiva dos resultados obtidos e contextualizando com os dados da literatura.

    Alunos PAE: Cleidy Mirela Osorio Mogollon e Gabriel Montenegro de Campos


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