RCB0300 - Tópicos em Biotecnologia III - Genética - 2024

P2. Análises in silico: Análise de qualidade do sequenciamento

• P2. Análises in silico: Análise de qualidade do sequenciamento

  Data: 13 de Março (8:00 - 10:00)

  SALA: Pró-aluno

  Professores: Dr. Pablo R. Sanches, Profa. Dra. Nilce M. Rossi e Profa. Dra. Aparecida M. Fontes
  

  Objetivos: Ao longo da abordagem deste tópico os alunos deverão ser capazes de:

  • Demonstrar os relatórios de qualidade do sequenciamento;
  • Aplicar algoritmos para filtro e remoção de adaptadores.
  • Criar uma tabela contendo a identificação das amostras, a quantidade de reads (leituras) antes e após aplicação do processo.
  • Responder questões no moodle.
    
    

  
  Etapas para análise da qualidade do sequenciamento:
  

  • Dados brutos no formato fastq;
  • Pré-trimagem: identificar contaminantes e análise do relatório de qualidade gerado;
  • Trimmomatic: Retirar regiões similares as sequências de adaptadores;  retirar regiões com escore mínimo de qualidade e eliminar reads de tamanho mínimo;
  • FASTQC: Comparar a qualidade do sequenciamento após processo de trimagem.

  
  Alunos PAE: Cleidy Osorio Mogollon e Gabriel Montenegro de Campos
  

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    04 - Analise Qualidade - P1 Arquivo

    Disponível se: Você faz parte de T-RCB0300-20241T1
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    05 - Analise Qualidade - P2 Arquivo

    Disponível se: Você faz parte de T-RCB0300-20241T1
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    Análise de qualidade do sequenciamento Questionário

    Fechado: quinta-feira, 14 mar. 2024, 23:59
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    Aparar (“trimar”) leituras do RNA-Seq Questionário

    Fechado: terça-feira, 19 mar. 2024, 23:59