RCB0300 – Tópicos em Biotecnologia III - 2022

P10. Análises in silico: análise de expressão gênica diferencial – Parte 2

• P10. Análises in silico: análise de expressão gênica diferencial – Parte 2

  Data: 4 de abril (10:10 - 12:00)

  Professores: Pablo R. Sanches, Nilce M. Rossi e Aparecida M. Fontes
  

  Objetivos: ao longo da abordagem deste tópico os alunos deverão ser capazes de:

  • Estabelecer os critérios para a avaliação de genes diferencialmente expressos. Nesse estudo: log de fold change: vermelho = induzido e verde = reprimido. Na tabela do valor de p ajustado: laranja significa que é p < 0.05. Para garantir a análise de um número maior de genes considerar o valor de p mais relevante do que o corte do valor de fold change.
  • Reconhecer como avaliar se a diferença do nível de expressão é estatisticamente significante.
  • Revisão sobre como encontrar o gene ortologo de Homo sapiens no BLAST - NCBI em Trichophyton rubrum (CBS) 118892 (linhagem do atual estudo).*
  • * alterar o programa de seleção ao final do Blast
  • Compreender os parâmetros do Blast: E value (quanto mais próximo de zero, mais confiável é a similaridade) e % identidade. Ex. 3x10E93 x 0,048. A primeira situação é confiável, mas a segunda não é confiável.
  • Criar heatmaps e tabelas com os resultados da análise de expressão gênica diferencial.
    

  
  

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    Artigos Famílias de Fatores de Transcrição Arquivo
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    Tabela com lista de genes codificantes de fatores de transcrição Arquivo
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    Tabela com lista degenes codificantes de moléculas envolvidas no reparo do DNA Arquivo