Section : P1.Análises in silico: apresentação do desenho experimental do estudo e montagem do ambiente de bioinformática para análises dos dados | RCB0300 – Tópicos em Biotecnologia III - 2022 | e-Disciplinas
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P1.Análises in silico: apresentação do desenho experimental do estudo e montagem do ambiente de bioinformática para análises dos dados
Data: 23 de Março (10:10-12:00)
Professores: Pablo R. Sanches, Nilce M. Rossi e Aparecida M. Fontes
Objetivos: ao longo da abordagem deste tópico os alunos deverão ser capazes de:
- Conhecer a linhagem de dermatófito utilizado - Trichophyton rubrum CBS 118892, condições de cultivo com e sem UDA (0, 3, 12h), extração de RNA, sequenciamento.
- Criação de conta no software online Galaxy (tutorial anexado abaixo).
- Conhecer os bancos de dados que serão usados
- Instalar os programas que serão utilizados;
- Definir o número de amostras em cada biblioteca;
- Conhecer
os principais comandos para buscar informações sobre as características das
sequências depositadas
Etapa 1: Análise da qualidade do sequenciamento
1. FASTQC – 1ª rodada (análise de qualidade “pré-trimagem”)
2. Trimmomatic (“trimagem” de adaptadores e regiões de má qualidade)
3. FASTQC – 2ª rodada (análise de qualidade “pós-trimagem”)
4. Comparação dos resultados obtidos nas 1ª e 2ª rodadas 5. Desenvolvimento da tabela de resultados