RCB0300 - Tópicos em Biotecnologia III - Genética - 2024, Sezione: P1. Análises in silico: Apresentação do desenho experimental do estudo e montagem do ambiente de bioinformática para análise de dados | e-Disciplinas
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P1. Análises in silico: Apresentação do desenho experimental do estudo e montagem do ambiente de bioinformática para análise de dados
Data: 08 de Março (10:10 -12:00)
SALA: Pró-Aluno
Professores: Dr. Pablo R. Sanches, Profa. Dra. Nilce M. Rossi e Profa. Dra. Aparecida M. Fontes
Objetivos: Ao longo da abordagem deste tópico os alunos deverão ser capazes de:
- Conhecer a linhagem de dermatófito utilizado - Trichophyton rubrum CBS 118892, condições de cultivo com e sem SRT (3 e 12h), extração de RNA, sequenciamento;
- Conhecer e instalar os bancos de dados que serão usados;
- Instalar os programas que serão utilizados;
- Definir o número de amostras em cada biblioteca;
- Conhecer os principais comandos para buscar informações sobre as características das sequências depositadas.
- Dividir a turma em dois grupos para apresentação dos resultados.
Etapa 1: Análise da qualidade do sequenciamento
1. FASTQC – 1ª rodada (análise de qualidade “pré-trimagem”) .
2. Trimmomatic (“trimagem” de adaptadores e regiões de má qualidade).
3. FASTQC – 2ª rodada (análise de qualidade “pós-trimagem”).
4. Comparação dos resultados obtidos nas 1ª e 2ª rodadas 5. Desenvolvimento da tabela de resultados.
Alunos PAE: Gabriel Montenegro de Campos e Cleidy Osorio Mogollon-
Chiuso: martedì, 12 marzo 2024, 23:59