Genômica funcional é a vertente da genômica cujo foco está voltado para a elucidação das funções que cada gene exerce no organismo e, ao mesmo tempo, como esses genes interagem entre si dentro das redes biológicas que controlam as características fenotípicas. Ou seja, é o campo que explica detalhadamente as funções de cada gene.

Nesse campo, as duas abordagens mais famosas são a transcriptoma, que é a análise do perfil global da expressão gênica, e a proteoma, que é a análise sistemática das proteínas.