RCB0300 – Tópicos em Biotecnologia III - 2022

P2. Análises in silico: análise de qualidade do sequenciamento.

• P2. Análises in silico: análise de qualidade do sequenciamento.

  Data: 25 de Março (8:00 - 10:00)

  Professores: Pablo R. Sanches, Nilce M. Rossi e Aparecida M. Fontes
  

  Objetivos: ao longo da abordagem deste tópico os alunos deverão ser capazes de:

  • Demonstrar os relatórios de qualidade do sequenciamento; 
  • Aplicar algoritmos para filtro e remoção de adaptadores; 
  • Criar uma tabela contendo a identificação das amostras, a quantidade de reads (leituras) antes e após aplicação do processo.

  
  Etapas para análise da qualidade do sequenciamento:
  

  • Dados brutos no formato fastq.
  • Pré-trimagem: identificar contaminantes e análise do relatório de qualidade gerado
  • Trimmomatic: Retirar regiões similares as sequências de adaptadores;  retirar regiões com escore mínimo de qualidade e eliminar reads de tamanho mínimo
  • FASTQC: Comparar a qualidade do sequenciamento após processo de trimagem.

  
  

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    Análise de Qualidade_Continuação Arquivo