RCB0300 – Tópicos em Biotecnologia III - 2022

P11. Análises in silico: análise de genes de interesse – Parte 1

• P11. Análises in silico: análise de genes de interesse – Parte 1

  Data: 6 de abril (8:00 - 10:00)

  Professores: Pablo R. Sanches, Nilce M. Rossi e Aparecida M. Fontes
  

  Objetivos: ao longo da abordagem deste tópico os alunos deverão ser capazes de:

  • Examinar os genes de interesse associados com fatores de transcrição e genes de reparo.
    

  Tópicos abordados:
  

  • Importância do cuidado sobre o estabelecimento do desenho experimental
  • Importância da realização do experimento em triplicata
  • Avaliação das similaridades entre as amostras por meio de gráficos da análise de componentes principais
  • Selecionar alguns genes diferencialmente expressos e validar por RT-PCR em tempo real
  • Revisão sobre os dois tipos de biblioteca de segunda geração: single-ended versus paired-end. No primeiro caso apenas uma das extremidades do fragmento de DNA é sequenciada e no segundo caso ambas as extremidades do fragmento de DNA são sequenciadas.
  • Revisão dos passos de análise dos dados de RNAseq utilizando a plataforma Galaxy
  • Uso do site: http://www.heatmapper.ca/expression/ para construção do heatmap.
  • Uso do site: https://www.ebi.ac.uk/interpro/ para análise de domínios proteicos.
  • Uso do site : https://string-db.org/ para análise de interação entre proteínas. Ele permite realizar a busca em Tricophyton.
  • Uso do site: https://www.genenames.org/ para encontrar a sigla oficial de determinado gene em humanos.
  • Uso do site: https://pfam.xfam.org/ para análise de famílias de proteínas por meio de cadeia de Markov escondida. Realiza o alinhamento de sequência de proteínas associadas. É uma análise mais aprofundada de análise de similaridade quando comparada com o blast, pois não avalia somente a sequência, mas também a similaridade em relação a estrutura de determinado domínio.