RCB0300 – Tópicos em Biotecnologia III - 2022

P5. Análises in silico: contagem das leituras mapeadas no genoma de referência.

• P5. Análises in silico: contagem das leituras mapeadas no genoma de referência.

  Data: 30 de Março (8:00 - 10:00)

  Professores: Pablo R. Sanches, Nilce M. Rossi e Aparecida M. Fontes
  

  Objetivos: ao longo da abordagem deste tópico os alunos deverão ser capazes de:

  • Manipular algoritmos de contagem de reads (leituras) mapeados em cada gene.
    

  
  

  Conceitos abordados:

  • Normalização: como os genes se expressam diferencialmente em diferentes condições
  • Normalização RNA-seq: comprimento das diferentes moléculas de RNAs; profundidade do sequenciamento de diferentes bibliotecas e composição de RNA
  • Renomear arquivos Gene counts no Galaxy
    
  • DESeq2 (normalização e calculo da expressão diferencial) --> tratamento vs. controle
  • Obtenção dos resultados: 
  • PCA
  • Distância entre amostras
  • Dispersão
  • Histograma de p valor
  • Genes significativamente DE
  • Tabelas de genes significativamente DE
    

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    P5_Expressão Diferencial Arquivo