RCB0300 – Tópicos em Biotecnologia III - 2022

P4. Análises in silico: mapeamento das leituras no genoma de referência – Parte 2.

• P4. Análises in silico: mapeamento das leituras no genoma de referência – Parte 2.

  Data: 28 de Março (10:10 - 12:00)

  Professores: Pablo R. Sanches, Nilce M. Rossi e Aparecida M. Fontes
  

  Objetivos: ao longo da abordagem deste tópico os alunos deverão ser capazes de:

  • Aplicar algoritmos para indexação do genoma de referência e mapeamento das reads (leituras) contra o genoma de referência; 
  • Ao final, criar uma tabela contendo a quantidade e o percentual de reads mapeadas por amostra.
    

  
  Conceitos abordados:
  

  • Contagem das leituras mapeadas no genoma de referência
    
  • Renomear arquivos mapped.bam no Galaxy (saída do software RNA STAR)
    
  • StringTie (quantificação da transcrição) 
  • Obter arquivo de contagem das leituras mapeadas por Gene
    

  
  

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    P4_Contagem de Leituras Arquivo