Sección: P6. Análise in sílico: Contagem das leituras mapeadas no genoma de referência | RCB0300 - Tópicos em Biotecnologia III - Genética - 2024 | e-Disciplinas
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P6. Análise in sílico: Contagem das leituras mapeadas no genoma de referência
Data: 20 de março (8:00 - 10:00)
SALA: Pró-aluno II
Professores: Dr. Pablo R. Sanches, Profa. Dra. Nilce M. Rossi e Profa. Dra. Aparecida M. Fontes
Objetivos: Ao longo da abordagem deste tópico os alunos deverão ser capazes de:
- Manipular algoritmos de contagem de reads (leituras) mapeados em cada gene.
- Responder questões no moodle.
Conceitos abordados:
- Normalização: como os genes se expressam diferencialmente em diferentes condições;
- Normalização RNA-seq: comprimento das diferentes moléculas de RNAs; profundidade do sequenciamento de diferentes; bibliotecas e composição de RNA;
- Renomear arquivos Gene counts no Galaxy.
- DESeq2 (normalização e calculo da expressão diferencial) --> tratamento vs. controle
- Obtenção dos resultados:
- PCA;
- Distância entre amostras;
- Dispersão;
- Histograma de p valor;
- Genes significativamente DE;
- Tabelas de genes significativamente DE.
Alunos PAE: Cleidy Osorio Mogollon e Gabriel Montenegro de Campos
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Abrió: miércoles, 20 de marzo de 2024, 11:30Cerró: miércoles, 20 de marzo de 2024, 11:55