RCB0300 - Tópicos em Biotecnologia III - Genética - 2024

P6. Análise in sílico: Contagem das leituras mapeadas no genoma de referência

• P6. Análise in sílico: Contagem das leituras mapeadas no genoma de referência

  Data: 20 de março (8:00 - 10:00)

  SALA: Pró-aluno II
  

  Professores: Dr. Pablo R. Sanches, Profa. Dra. Nilce M. Rossi e Profa. Dra. Aparecida M. Fontes
  

  Objetivos: Ao longo da abordagem deste tópico os alunos deverão ser capazes de:

  • Manipular algoritmos de contagem de reads (leituras) mapeados em cada gene.
  • Responder questões no moodle.
    

  
  

  Conceitos abordados:

  • Normalização: como os genes se expressam diferencialmente em diferentes condições;
  • Normalização RNA-seq: comprimento das diferentes moléculas de RNAs; profundidade do sequenciamento de diferentes; bibliotecas e composição de RNA;
  • Renomear arquivos Gene counts no Galaxy.
    
  • DESeq2 (normalização e calculo da expressão diferencial) --> tratamento vs. controle
  • Obtenção dos resultados: 
  • PCA;
  • Distância entre amostras;
  • Dispersão;
  • Histograma de p valor;
  • Genes significativamente DE;
  • Tabelas de genes significativamente DE.

  
  

  Alunos PAE: Cleidy Osorio Mogollon e Gabriel Montenegro de Campos

  
  

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    Contagem das leituras mapeadas no genoma de referência Arquivo
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    Contagem das leituras mapeadas no genoma de referência Questionário

    Aberto: quarta-feira, 20 mar. 2024, 11:30

    Fechado: quarta-feira, 20 mar. 2024, 11:55