Section : P16. Exercícios sobre a construção de uma vacina de mRNA contra SARS-CoV-2 - Parte 3 | RCB0300 - Tópicos em Biotecnologia III - Genética - 2024 | e-Disciplinas

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P16. Exercícios sobre a construção de uma vacina de mRNA contra SARS-CoV-2 - Parte 3

  • P16. Exercícios sobre a construção de uma vacina de mRNA contra SARS-CoV-2 - Parte 3

    Data: 10 de maio (08:00 - 10:00)

    SALA:  Pró-aluno II

    Professora: Profa. Dra. Aparecida M. Fontes

    Objetivos: Análise da Imunogenicidade das respectivas moléculas de mRNA por meio do banco IEDB.

    Metas de aprendizagem para a terceira aula prática sobre vacina de mRNA contra SARS-CoV-2:

      • Conhecer a ferramenta https://web.expasy.org/translate/ da plataforma ExPasy (Expert Protein Analysis System) um banco de bioinformática mantido pelo Instituto Suíço de Bioinformática que permite converter o cDNA em sequência de aminoácidos. Faça a tradução das duas vacinas de mRNA, antes e após a adição das mutações 2P. Observação: tenha certeza de colar apenas a partir do códon de iniciação até o stop codon;
      • Coloque a sequência de aminoácidos em um documento do word. Lembre-se: sempre utilize fonte courier new, tamanho 10 e margens estreitas. Colorir em azul a região do domino RBD (319-537), para o virus SARS-CoV-2 original) e em vermelho a região da mutação 2P;
      • Conhecer o site IEDB Immune Epitope Database & Tools (https://www.iedb.org) - contém um catálogos de epítopos de linfócitos B e T estudados em humanos e outras espécieis animais no contexto de doenças infecciosas. 
      • Conhecer a ferramenta do IEDB que permite fazer a predição de epítopos de anticorpos: http://tools.iedb.org/bcell/. Determinar a predição de epítopos da proteína spike codificada por ambas vacinas de mRNA, antes e após a adição das mutações missense 2P. Pergunta: há diferença no número de epítopos?;
      •  Conhecer a ferramenta do IEDB que permite fazer a predição de epítopos de MHC classe I: http://tools.iedb.org/mhci/. Coloque a sequencia da proteína spike e clique em Select HLA allele reference set e em seguida clique em submit;
      • Você obterá uma tabela com 8 informações sobre cada epítopo. Primeiro considere a informação da última coluna, a qual mostra a afinidade de ligação de cada epítopo a um determinado alelo de MHC-I. Selecione um epítopo com 100% de afinidade e que pertença à região do receptor (RBD) e responda às seguintes perguntas: a) qual o tamanho do epitopo?; b) qual a sequência de aminoácidos?; c) esse epítopo é ligante de qual alelo de MHC-I?
      • Conhecer a ferramenta do IEDB que permite fazer a predição de epítopos de MHC classe II: http://tools.iedb.org/mhcii/. Coloque a sequência da proteína spike e clique em Select full HLA allele set  e em seguida clique em submit;
      • Você obterá uma tabela com 9 informações sobre cada epítopo. Primeiro considere a informação da última coluna, a qual mostra a afinidade de ligação de cada epítopo a um determinado alelo de MHC-II. Selecione um epítopo com 100% de afinidade e que pertença à região do receptor (RBD) e responda às seguintes perguntas: a) qual o tamanho do epitopo?; b) qual a sequência de aminoácidos?; c) esse epítopo é ligante de qual alelo de MHC-II?


    Alunos PAE: Gabriel Montenegro de Campos e Cleidy Osorio Mogollon

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