Sección: P11. Análises in sílico: análise de genes de interesse | RCB0300 - Tópicos em Biotecnologia III - Genética - 2024 | e-Disciplinas
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P11. Análises in sílico: análise de genes de interesse
Data: 03 de abril (10:10 - 12:00)
SALA: Pró-aluno II
Professores: Dr. Pablo R. Sanches, Profa. Dra. Nilce M. Rossi e Profa. Dra. Aparecida M. Fontes
Objetivos: Ao longo da abordagem deste tópico os alunos deverão ser capazes de:
- Examinar os genes de interesse em resposta a presença de drogas.
- Importância do cuidado sobre o estabelecimento do desenho experimental;
- Importância da realização do experimento em triplicata;
- Avaliação das similaridades entre as amostras por meio de gráficos da análise de componentes principais;
- Selecionar alguns genes diferencialmente expressos e validar por RT-PCR em tempo real;
- Revisão sobre os dois tipos de biblioteca de segunda geração: single-ended versus paired-end. No primeiro caso apenas uma das extremidades do fragmento de DNA é sequenciada e no segundo caso ambas as extremidades do fragmento de DNA são sequenciadas;
- Revisão dos passos de análise dos dados de RNAseq utilizando a plataforma Galaxy;
- Uso do site: http://www.heatmapper.ca/expression/ para construção do heatmap;
- Uso do site: https://www.ebi.ac.uk/interpro/ para análise de domínios proteicos;
- Uso do site : https://string-db.org/ para análise de interação entre proteínas. Ele permite realizar a busca em Tricophyton;
- Uso do site: https://www.genenames.org/para encontrar a sigla oficial de determinado gene em humanos;
- Uso do site: https://pfam.xfam.org/ para análise de famílias de proteínas por meio de cadeia de Markov escondida. Realiza o alinhamento de sequência de proteínas associadas. É uma análise mais aprofundada de análise de similaridade quando comparada com o blast, pois não avalia somente a sequência, mas também a similaridade em relação a estrutura de determinado domínio.
Alunos PAE: Cleidy Osorio Mogollon e Gabriel Montenegro de Campos - Examinar os genes de interesse em resposta a presença de drogas.