Programação
-
Prezados alunos,
Bem-vindo ao curso RIB0307!
Você está recebendo este e-mail porque está matriculado no meu curso RIB0307 - Métodos da Bioinformática - (20202T1 - Teórica).
Esta aula começará nesta quinta-feira (06/08). No passado, minhas palestras eram ministradas em uma mistura de Português e Inglês. Devido a dificuldade que muitos alunos apresentavam para entender as palestras, decidi tentar algo novo neste semestre. Postarei minhas palestras teóricas no YouTube, para que você possa visualizá-las no seu ritmo. E você terá a opção de traduzir ou usar legendas para ver e ouvir minhas palestras, veja como, clicando nos links abaixo:
https://www.ovnihoje.com/2018/02/12/instrucoes-para-ativar- legenda-em-portugues-no- youtube/
https://canaltech.com.br/internet/como-adicionar- legendas-em-videos-do-youtube/
Espero que este método seja mais fácil para a maioria de vocês seguir o conteúdo.
Eu também usarei o Slack para me comunicar com vocês a qualquer hora e dia. Meu SLACK é chamado profhoutan.slack.com
. Eu já convidei cada um de vocês para aprticiapr do grupo. Caso não tenha recebido o referido e-mail, convido-o a participar clicando no link abaixo:
https://join.slack.com/t/profhoutan/shared_invite/zt-gbrkfpwi-b6HvRr7~Jl6BD3KlQUmLXgMinhas aulas também estarão disponíveis no moodle / stoa / edisciplines.
A primeira palestra pode ser encontrada aqui:
Aula 1 -
A sala de aula estará disponível durante todo o semestre no horário da nossa disciplina para que você possa desenvolver suas atividades.
Em anexo, encontra-se o programa do curso.
Até a próxima Quinta-feira (06/08) às 14:00 na GOOGLE MEET: https://meet.google.com/bge-qtee-dih -
Introduction to gene expression technology/Introduction to R
Esta aula começará nesta quinta-feira (01/08). No passado, minhas palestras eram ministradas em uma mistura de Português e Inglês. Devido a dificuldade que muitos alunos apresentavam para entender as palestras, decidi tentar algo novo neste semestre. Postarei minhas palestras teóricas no YouTube, para que você possa visualizá-las no seu ritmo. E você terá a opção de traduzir ou usar legendas para ver e ouvir minhas palestras, veja como, clicando nos links abaixo:
https://www.ovnihoje.com/2018/02/12/instrucoes-para-ativar- legenda-em-portugues-no- youtube/
https://canaltech.com.br/internet/como-adicionar- legendas-em-videos-do-youtube/
Espero que este método seja mais fácil para a maioria de vocês seguir o conteúdo.A primeira palestra pode ser encontrada aqui:
Aula 1 -Aula 2 -
-
-
Class 3 -
-
-
Aula 4 -
-
Homework is due in 4 weeks from today and there’s two parts. First part is generating plots from the first 3 lectures. The other half involves bioinformatics analysis. The dataset has ~38 patients and ~28000 data sets. Need to find the outlier(s). The code is done in the first 3 lectures.
Second part, you will use the Spellman dataset. You will use the cdc28 and I won’t give the reference you have to find it yourself. I will give you the function to run some of the problem. Question 11, is right from lecture 3 notes. All the codes are in lecture notes. Q14, you need to cluster the genes and you want to determine the like genes and to fill in the missing data.
-
-
-
-
-
Aula 5 -
#1-7
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite(“marray”)
library(marray)
data(swirl)
#8-12
biocLite(c(“affy”, “affydata”, “limma”))
library(affy)#loads limma also
library(affydata)
data(Dilution)
Homework #2
Be sure to install sma manually. Need version 0.5.17
http://braju.com/R/repos/sma_0.5.17.tar.gz
-
-
Aula 7 -