Surgiu primeiramente como conceito teórico, mas depois teve detecção e confirmação em sistemas vivos. Seria uma substância que regula desenvolvimento biológico, e sua ação dependeria de gradientes.
A dinâmica de inibição-ativação seria modelada por equações de reação-difusão. 
Um exemplo de morfogênio clássico é bicoid, detectado em 1986.