Programação
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A proposta da disciplina é aplicar a metodologia de Aprendizado Baseado em Projetos – ABP (do inglês – Project-Based Learning-PBL) no desenvolvimento de competências e habilidades em Biologia Molecular e Análise Genômica.
O conteúdo programático da disciplina foi organizado com cerca de 20 horas de aulas teóricas sobre métodos de biologia molecular aplicada a dados de metagenômica. Um quarto do tempo da disciplina será usado para discussão desses métodos no contexto do desenvolvimento do projeto de pesquisa. Estão previstas 40 horas para atividades laboratoriais, estudo dirigido e pesquisa de campo (coleta das amostras).
Coordenadores:
Prof. Dr. Wilson Araújo Silva
Profa. Dra. Aparecida Maria Fontes
Docentes Colaboradores:
Profa. Dra. Nilce Maria Martinês Rossi
Prof. Dr. Jeremy A. Squire
Prof. Dr. David de Jong
Início da Disciplina: 17/02/2020
Término da Disciplina: 17/06/2020
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Grupo 1: Dayane, Laura, Stéphanie e VítorGrupo 2: João Raphael, Lídia, Matheus, Nathália e WillianGrupo 3: Filipe, Giulia, Jéssica, Maria Luiza e ViníciusGrupo 4: Guilherme, Isabela, Luana, Maria Vitória e Rafaela
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Discutir sobre estrutura e função do genoma bacteriano. Definição e aplicação de Microbioma e Metagenômica. Sequenciamento Metagenômico vs. Sequenciamento convencional
Profa. Nilce Maria Martinez Rossi
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19.02.20 - 8h00 - 10h00: T02 - O locus ribossomal bacteriano e sua aplicação na análise de microbiomas
Definir a estrutura dos ribossomos; compreender a unidade de transcrição do rRNA e desenhar um par de "primers" para amplificação do locus ribossomal
Profa. Aparecida Maria Fontes
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Apresentar os protocolos experimentais para o sequenciamento e análise de dados de genomas de eucariotos e procariotos
Prof. Wilson Araújo da Silva Junior
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Conhecer e classificar os principais procariotos do grupo Bactéria de ambiente hospitalar.
Profa. Aparecida Maria Fontes
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Identificar os locais e discutir a logística de coleta das amostras fora e dentro do Hospital das Clínicas
Prof. Wilson Araújo da Silva Junior
Profa. Aparecida Maria Fontes
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Avaliar o aprendizado sobre genoma procarioto, sequenciamento de DNA e conceitos fundamentais sobre microbiomas.
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Definição das tarefas por grupo e explicação da logística de Coleta de amostra e extração do DNA bacteriano no Hemocentro.
Prof. Wilson Araújo da Silva Junior
Profa. Aparecida Maria Fontes
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Coleta de amostra e extração do DNA bacteriano no Hemocentro e preparo dos tubos para coleta no HC.
Prof. Wilson Araujo Silva Jr
Profa. Aparecida Maria Fontes
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Discutir artigo científico da área de estudo
Grupo 1: Data analysis for 16S microbial profiling from different benchtop sequencing platforms
Prof. David de Jong
Prof. Wilson Araújo da Silva Junior
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Coleta de amostras nas áreas internas e externas do HC.
Prof. Wilson Araújo da Silva Junior
Profa. Aparecida Maria Fontes
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Discutir artigo científico da área de estudo
Grupo 2: A Step Forward to Empower Global Microbiome Research Through Local Leadership
Prof. David de Jong
Prof. Wilson Araújo da Silva Junior
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Conhecer recursos disponíveis para análise de dados de metagenômica rRNA 16S
Prof. Wilson Araújo da Silva Junior
Profa. Aparecida Maria Fontes
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Artigo que descreve um protocolo de uso da plataforma Microbiome Analyst
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Discutir artigo científico da área de estudo
Grupo 3: Bacterial colonization and succession in a newly opened hospital
Prof. David de Jong
Prof. Wilson Araújo da Silva Junior
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Análise de dados genômicos
Prof. Wilson Araújo da Silva Junior
Profa. Aparecida Maria Fontes
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Após a palestra, realizaremos e discutiremos o resultado da atividade descrita no arquivo RCB0300_Atividade_1.
Obs: os arquivos 1_otu.txt, 2_metadados.txt e 3_taxonomy.txt serão usados para execução da atividade na plataforma MicrobiomeAnalyst.
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Discutir artigo científico da área de estudo
Grupo 4: Diversity changes of microbial communities into hospital surface environments
Prof. David de Jong
Prof. Wilson Araújo da Silva Junior
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Prática de extração de DNA ou Análise de dados genômicos
Prof. Wilson Araújo da Silva Junior
Profa. Aparecida Maria Fontes
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Discutir artigo científico da área de estudo
Grupo 5: Longitudinal Metagenomic Analysis of Hospital Air Identifies Clinically Relevant Microbes
Prof. Jeremy A Squire
Prof. Wilson Araújo da Silva Junior
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Análise de dados genômicos
Prof. Wilson Araújo da Silva Junior
Profa. Aparecida Maria Fontes
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Prof. Jeremy A Squire
Dra.
Camila Morais MeloProf. David De Jong
Prof. Wilson Araújo da Silva Junior
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Análise de dados genômicos
Prof. Wilson Araújo da Silva Junior
Profa. Aparecida Maria Fontes
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Prof. Jeremy A Squire
Dra. Camila Morais Melo
Prof. David De Jong
Prof. Wilson Araújo da Silva Junior
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Análises Genômicos
Prof. Wilson Araújo da Silva Junior
Profa. Aparecida Maria Fontes
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Prof. Jeremy A Squire
Dra. Camila Morais Melo
Prof. David De Jong
Prof. Wilson Araújo da Silva Junio
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Análises Genômicos
Prof. Wilson Araújo da Silva Junior
Profa. Aparecida Maria Fontes
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Prof. Wilson Araújo da Silva Junior
Profa. Aparecida Maria Fontes
Profa. Nilce Maria Martinez Rossi
Prof. Jeremy A Squire
Prof. David De Jong
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Prof. Jeremy A Squire
Prof. David De Jong
Prof. Wilson Araújo da Silva Junior
Profa Aparecida Maria Fontes
Profa. Nilce Maria Martinez Rossi
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