O objetivo central da disciplina Organização de Mercados Agroindustriais refere-se ao estudo dos mercados imperfeitos (que se afastam da do ideal competitivo), visando a compreensão dos padrões de competição e estratégias entre as firmas, e as implicações para a política pública visando à maximização do bem estar da sociedade. Procura-se incrementar a compreensão da causalidade entre as formas de organização dos mercados e os níveis de competição e eficiência dos mesmos; do impacto de mudanças na organização do mercado e do ambiente institucional sobre o seu nível de competitividade; além de desenvolver a capacidade de identificar as deficiências econômicas existentes nos mercados e a proposição de políticas públicas e estratégias privadas para corrigi-las.