Agroecologia e Agricultura Orgânica é um curso direcionado para a síntese de conhecimento das ciências agrárias, tendo como eixo pedagógico o desenvolvimento de um plano de conversão para estilos de agricultura mais sustentáveis. Está voltado ao desenvolvimento regional, tendo como ênfase os aspectos biológicos da construção de agroecossistemas mais sustentáveis, mas incluindo também temáticas sócio-econômicas e culturais quando relevantes para essa construção. No final do curso, espera-se que o participante esteja apto a diagnosticar, analisar, planejar e manejar sistemas de produção agrícola em bases ecológicas nas condições reais em que os agricultores  operam.