Complexo formado durante a via intrínseca da apoptose, quando o citocromo C é liberado da mitocôndria, se associando a APAF-1 e pró-caspase-9. Quando o complexo apoptossomo se forma, caspase-9 é formada e ativa caspase-3, iniciando a clivagem de substratos específicos que resultam nos aspectos morfológicos e bioquímicos da morte celular.