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CEN5789 - Genômica e Bioinformática (2019-II)
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CEN5789--2019-II
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Programação Semanal Temas Teóricos
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Apresentação
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No disponible hasta que: se pertenezca a cualquier grupo
Aula teórica 1: Introdução a disciplina e Bancos de dados biológicos e Ferramentas básicas de bioinformática
Leituras da semana
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Bioinformatics explained
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Bioinformatics: What? Why? Who?
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Inner Life of the Cell (Full Version - Narrated)
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DNA Replication
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Transcription and Translation
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Quizz1
Cuestionario
Aula 1
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Aula prática 1: Introdução no sistema operacional LINUX, programação em shell (bash), alinhamento pareado de sequências, BLAST
UNIX Guide
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EMBOSS Guide
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Guide
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file1.tgz
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TAIR Proteins Fasta
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TAIR Genes GFF3
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TAIR cDNA Fasta
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README
Archivo
Quizz 2
Cuestionario
Bash Scripting Tutorial for Beginners
URL
Bash script BLAST
Tarea
desconocido.nuc.fa
Archivo
TAIR Gene FASTA
Archivo
BAK64065
Archivo
Retrieve annotated proteins in fasta format from a single replicon
Archivo
Aula teórica 2: Genômica: fluxo de informação na célula, estrutura de genomas, estratégias de sequenciamento de genomas
Leituras da semana
Página
DNA Replication
URL
Transcription and Translation
URL
How is Oxford Nanopore used? | WIRED
URL
Sequencing DNA (or RNA) | Real-time, Ultra Long-Reads, Scalable Technology from Oxford Nanopore
URL
Illumina Sequencing by Synthesis
URL
Single Molecule Real Time Sequencing - Pacific Biosciences
URL
Aula 2 - Grupo 7
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Aula teórica 3: Alinhamento de sequências (pareado e múltiplo): algoritmos exatos e heurísticos
Profile HMMs for Sequence Alignment
URL
Leituras da semana
Página
Quizz 3
Cuestionario
Aula 3 - DMRP
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Pre-projeto
Tarea
Aula 3
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Aula teórica 4: Estratégias para a montagem de genomas de novo e guiado por referencia, diferencias, vantagens, tipos de dados. Avaliação de montagens.
Leituras da semana
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Aula 4 - DMRP
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Aula 4
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Aula prática 2: Montagem de genomas. Avaliação de montagens, Anotação de genomas
Genomics Guide
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qc1.fq.gz
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qc2.fq.gz
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qc3.fq.gz
Archivo
qc4.fq.gz
Archivo
single_data.fastq.gz
Archivo
Aula teórica 5: Anotação estrutural e funcional de genomas
Leituras da semana
Página
Aula 5
Archivo
Aula teórica 6: Pangenoma e Genômica comparativa
Leituras da semana
Página
The Power of Comparative Genomics
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Aula
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Aula prática 3: Bancos de dados de genes ortólogos, identificação de genes ortólogos e parálogos.
genomes.pep.tar.gz
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Comprative Genomics Guide
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Comparative Genomics OMA
Tarea
Aula teórica 7: Transcriptômica: anotação genomas, análise de expressão diferencial de genes, redes de co-expressão
Leituras da semana
Página
Aula 7
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Aula prática 4: Análise de dados de transcriptómica e introdução a linguagem R
Stranded vs unstranded RNASeq libraries
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RNASeq part 2
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Script to compute Expression levels
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Salmon Results
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Script RNASeq
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Aula teórica 8: Composição de microbiomas: analise taxonômico
Leituras da semana
Página
Aula teórica 9: Metagenômica
Leituras da semana
Página
Aula 9 - DMRP
Archivo
Apresentação de projeto semestral
Apresentação projeto final
Tarea
Artigo Projeto Final
Tarea