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CEN5789 - Genômica e Bioinformática (2019-II)
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2019
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CEN5789--2019-II
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Aula teórica 1: Introdução a disciplina e Bancos de dados biológicos e Ferramentas básicas de bioinformática
Leituras da semana
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Bioinformatics explained
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Bioinformatics: What? Why? Who?
URL
Inner Life of the Cell (Full Version - Narrated)
URL
DNA Replication
URL
Transcription and Translation
URL
Quizz1
Questionário
Aula 1
Arquivo
Aula prática 1: Introdução no sistema operacional LINUX, programação em shell (bash), alinhamento pareado de sequências, BLAST
UNIX Guide
Arquivo
EMBOSS Guide
Arquivo
Guide
Arquivo
file1.tgz
Arquivo
TAIR Proteins Fasta
Arquivo
TAIR Genes GFF3
Arquivo
TAIR cDNA Fasta
Arquivo
README
Arquivo
Quizz 2
Questionário
Bash Scripting Tutorial for Beginners
URL
Bash script BLAST
Tarefa
desconocido.nuc.fa
Arquivo
TAIR Gene FASTA
Arquivo
BAK64065
Arquivo
Retrieve annotated proteins in fasta format from a single replicon
Arquivo
Aula teórica 2: Genômica: fluxo de informação na célula, estrutura de genomas, estratégias de sequenciamento de genomas
Leituras da semana
Página
DNA Replication
URL
Transcription and Translation
URL
How is Oxford Nanopore used? | WIRED
URL
Sequencing DNA (or RNA) | Real-time, Ultra Long-Reads, Scalable Technology from Oxford Nanopore
URL
Illumina Sequencing by Synthesis
URL
Single Molecule Real Time Sequencing - Pacific Biosciences
URL
Aula 2 - Grupo 7
Arquivo
Aula teórica 3: Alinhamento de sequências (pareado e múltiplo): algoritmos exatos e heurísticos
Profile HMMs for Sequence Alignment
URL
Leituras da semana
Página
Quizz 3
Questionário
Aula 3 - DMRP
Arquivo
Pre-projeto
Tarefa
Aula 3
Arquivo
Aula teórica 4: Estratégias para a montagem de genomas de novo e guiado por referencia, diferencias, vantagens, tipos de dados. Avaliação de montagens.
Leituras da semana
Página
Aula 4 - DMRP
Arquivo
Aula 4
Arquivo
Aula prática 2: Montagem de genomas. Avaliação de montagens, Anotação de genomas
Genomics Guide
Arquivo
qc1.fq.gz
Arquivo
qc2.fq.gz
Arquivo
qc3.fq.gz
Arquivo
qc4.fq.gz
Arquivo
single_data.fastq.gz
Arquivo
Aula teórica 5: Anotação estrutural e funcional de genomas
Leituras da semana
Página
Aula 5
Arquivo
Aula teórica 6: Pangenoma e Genômica comparativa
Leituras da semana
Página
The Power of Comparative Genomics
URL
Aula
Arquivo
Aula prática 3: Bancos de dados de genes ortólogos, identificação de genes ortólogos e parálogos.
genomes.pep.tar.gz
Arquivo
Comprative Genomics Guide
Arquivo
Comparative Genomics OMA
Tarefa
Aula teórica 7: Transcriptômica: anotação genomas, análise de expressão diferencial de genes, redes de co-expressão
Leituras da semana
Página
Aula 7
Arquivo
Aula prática 4: Análise de dados de transcriptómica e introdução a linguagem R
Stranded vs unstranded RNASeq libraries
Arquivo
RNASeq part 2
Arquivo
Script to compute Expression levels
Arquivo
Salmon Results
Arquivo
Script RNASeq
Arquivo
Aula teórica 8: Composição de microbiomas: analise taxonômico
Leituras da semana
Página
Aula teórica 9: Metagenômica
Leituras da semana
Página
Aula 9 - DMRP
Arquivo
Apresentação de projeto semestral
Apresentação projeto final
Tarefa
Artigo Projeto Final
Tarefa