Skip to main content
Side panel
Disciplinas »
2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2016
2015
2014
2013
2012
AACCs/FFLCH
Pró-Reitoria de Pós-Graduação
Outros
Suporte »
Acesso
Perfis
Ouvintes
Docentes
Criação de Disciplinas da USP
Documentação
HelpDesk e Contato
Guia de uso
Sobre
English (en)
Deutsch (de)
English (en)
Español - Internacional (es)
Français (fr)
Italiano (it)
Português - Brasil (pt_br)
Search
Close
Search
Toggle search input
Acessar
CEN5789 - Genômica e Bioinformática (2019-II)
Home
Courses
2019
CENA
CEN
CEN5789--2019-II
Topic outline
General
Collapse all
Expand all
Avisos
Forum
Programação Semanal Temas Teóricos
File
Apresentação
Assignment
Grupos
File
Dúvidas
Forum
Nota final
File
Not available unless: You belong to any group
Aula teórica 1: Introdução a disciplina e Bancos de dados biológicos e Ferramentas básicas de bioinformática
Leituras da semana
Page
Bioinformatics explained
URL
Bioinformatics: What? Why? Who?
URL
Inner Life of the Cell (Full Version - Narrated)
URL
DNA Replication
URL
Transcription and Translation
URL
Quizz1
Aula 1
File
Aula prática 1: Introdução no sistema operacional LINUX, programação em shell (bash), alinhamento pareado de sequências, BLAST
UNIX Guide
File
EMBOSS Guide
File
Guide
File
file1.tgz
TAIR Proteins Fasta
File
TAIR Genes GFF3
File
TAIR cDNA Fasta
File
README
File
Quizz 2
Bash Scripting Tutorial for Beginners
URL
Bash script BLAST
Assignment
desconocido.nuc.fa
File
TAIR Gene FASTA
File
BAK64065
File
Retrieve annotated proteins in fasta format from a single replicon
File
Aula teórica 2: Genômica: fluxo de informação na célula, estrutura de genomas, estratégias de sequenciamento de genomas
Leituras da semana
Page
DNA Replication
URL
Transcription and Translation
URL
How is Oxford Nanopore used? | WIRED
URL
Sequencing DNA (or RNA) | Real-time, Ultra Long-Reads, Scalable Technology from Oxford Nanopore
URL
Illumina Sequencing by Synthesis
URL
Single Molecule Real Time Sequencing - Pacific Biosciences
URL
Aula 2 - Grupo 7
File
Aula teórica 3: Alinhamento de sequências (pareado e múltiplo): algoritmos exatos e heurísticos
Profile HMMs for Sequence Alignment
URL
Leituras da semana
Page
Quizz 3
Aula 3 - DMRP
File
Pre-projeto
Assignment
Aula 3
File
Aula teórica 4: Estratégias para a montagem de genomas de novo e guiado por referencia, diferencias, vantagens, tipos de dados. Avaliação de montagens.
Leituras da semana
Page
Aula 4 - DMRP
File
Aula 4
File
Aula prática 2: Montagem de genomas. Avaliação de montagens, Anotação de genomas
Genomics Guide
File
qc1.fq.gz
File
qc2.fq.gz
File
qc3.fq.gz
File
qc4.fq.gz
File
single_data.fastq.gz
File
Aula teórica 5: Anotação estrutural e funcional de genomas
Leituras da semana
Page
Aula 5
File
Aula teórica 6: Pangenoma e Genômica comparativa
Leituras da semana
Page
The Power of Comparative Genomics
URL
Aula
File
Aula prática 3: Bancos de dados de genes ortólogos, identificação de genes ortólogos e parálogos.
genomes.pep.tar.gz
File
Comprative Genomics Guide
File
Comparative Genomics OMA
Assignment
Aula teórica 7: Transcriptômica: anotação genomas, análise de expressão diferencial de genes, redes de co-expressão
Leituras da semana
Page
Aula 7
File
Aula prática 4: Análise de dados de transcriptómica e introdução a linguagem R
Stranded vs unstranded RNASeq libraries
File
RNASeq part 2
File
Script to compute Expression levels
File
Salmon Results
File
Script RNASeq
File
Aula teórica 8: Composição de microbiomas: analise taxonômico
Leituras da semana
Page
Aula teórica 9: Metagenômica
Leituras da semana
Page
Aula 9 - DMRP
File
Apresentação de projeto semestral
Apresentação projeto final
Assignment
Artigo Projeto Final
Assignment