Zum Hauptinhalt
Website-Übersicht
Disciplinas »
2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2016
2015
2014
2013
2012
AACCs/FFLCH
Pró-Reitoria de Pós-Graduação
Outros
Suporte »
Acesso
Perfis
Ouvintes
Docentes
Criação de Disciplinas da USP
Documentação
HelpDesk e Contato
Guia de uso
Sobre
Deutsch (de)
Deutsch (de)
English (en)
Español - Internacional (es)
Français (fr)
Italiano (it)
Português - Brasil (pt_br)
Suchen
Schließen
Suchen
Sucheingabe umschalten
Acessar
CEN5789 - Genômica e Bioinformática (2019-II)
Startseite
Kurse
2019
CENA
CEN
CEN5789--2019-II
Kursthemen
Allgemeines
Alles einklappen
Alles aufklappen
Avisos
Forum
Programação Semanal Temas Teóricos
Datei
Apresentação
Aufgabe
Grupos
Datei
Dúvidas
Forum
Nota final
Datei
Nicht verfügbar, es sei denn: Sie sind in einer Gruppe
Aula teórica 1: Introdução a disciplina e Bancos de dados biológicos e Ferramentas básicas de bioinformática
Leituras da semana
Textseite
Bioinformatics explained
Link/URL
Bioinformatics: What? Why? Who?
Link/URL
Inner Life of the Cell (Full Version - Narrated)
Link/URL
DNA Replication
Link/URL
Transcription and Translation
Link/URL
Quizz1
Test
Aula 1
Datei
Aula prática 1: Introdução no sistema operacional LINUX, programação em shell (bash), alinhamento pareado de sequências, BLAST
UNIX Guide
Datei
EMBOSS Guide
Datei
Guide
Datei
file1.tgz
Datei
TAIR Proteins Fasta
Datei
TAIR Genes GFF3
Datei
TAIR cDNA Fasta
Datei
README
Datei
Quizz 2
Test
Bash Scripting Tutorial for Beginners
Link/URL
Bash script BLAST
Aufgabe
desconocido.nuc.fa
Datei
TAIR Gene FASTA
Datei
BAK64065
Datei
Retrieve annotated proteins in fasta format from a single replicon
Datei
Aula teórica 2: Genômica: fluxo de informação na célula, estrutura de genomas, estratégias de sequenciamento de genomas
Leituras da semana
Textseite
DNA Replication
Link/URL
Transcription and Translation
Link/URL
How is Oxford Nanopore used? | WIRED
Link/URL
Sequencing DNA (or RNA) | Real-time, Ultra Long-Reads, Scalable Technology from Oxford Nanopore
Link/URL
Illumina Sequencing by Synthesis
Link/URL
Single Molecule Real Time Sequencing - Pacific Biosciences
Link/URL
Aula 2 - Grupo 7
Datei
Aula teórica 3: Alinhamento de sequências (pareado e múltiplo): algoritmos exatos e heurísticos
Profile HMMs for Sequence Alignment
Link/URL
Leituras da semana
Textseite
Quizz 3
Test
Aula 3 - DMRP
Datei
Pre-projeto
Aufgabe
Aula 3
Datei
Aula teórica 4: Estratégias para a montagem de genomas de novo e guiado por referencia, diferencias, vantagens, tipos de dados. Avaliação de montagens.
Leituras da semana
Textseite
Aula 4 - DMRP
Datei
Aula 4
Datei
Aula prática 2: Montagem de genomas. Avaliação de montagens, Anotação de genomas
Genomics Guide
Datei
qc1.fq.gz
Datei
qc2.fq.gz
Datei
qc3.fq.gz
Datei
qc4.fq.gz
Datei
single_data.fastq.gz
Datei
Aula teórica 5: Anotação estrutural e funcional de genomas
Leituras da semana
Textseite
Aula 5
Datei
Aula teórica 6: Pangenoma e Genômica comparativa
Leituras da semana
Textseite
The Power of Comparative Genomics
Link/URL
Aula
Datei
Aula prática 3: Bancos de dados de genes ortólogos, identificação de genes ortólogos e parálogos.
genomes.pep.tar.gz
Datei
Comprative Genomics Guide
Datei
Comparative Genomics OMA
Aufgabe
Aula teórica 7: Transcriptômica: anotação genomas, análise de expressão diferencial de genes, redes de co-expressão
Leituras da semana
Textseite
Aula 7
Datei
Aula prática 4: Análise de dados de transcriptómica e introdução a linguagem R
Stranded vs unstranded RNASeq libraries
Datei
RNASeq part 2
Datei
Script to compute Expression levels
Datei
Salmon Results
Datei
Script RNASeq
Datei
Aula teórica 8: Composição de microbiomas: analise taxonômico
Leituras da semana
Textseite
Aula teórica 9: Metagenômica
Leituras da semana
Textseite
Aula 9 - DMRP
Datei
Apresentação de projeto semestral
Apresentação projeto final
Aufgabe
Artigo Projeto Final
Aufgabe