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CEN5789 - Genômica e Bioinformática (2019)
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CEN5789-2019
Kursthemen
Allgemeines
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Avisos
Forum
Programação Semanal Temas Teóricos
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Apresentação
Aufgabe
Grupos
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Nicht verfügbar, außer: Sie sind in
T-CEN5789-1
Notas Finais
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Aula teórica 1: Introdução a disciplina e Bancos de dados biológicos e Ferramentas básicas de bioinformática
Leituras da semana
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Bioinformatics explained
Link/URL
Bioinformatics: What? Why? Who?
Link/URL
Inner Life of the Cell (Full Version - Narrated)
Link/URL
DNA Replication
Link/URL
Transcription and Translation
Link/URL
Quizz1
Test
Aula 1
Datei
Aula prática 1: Introdução no sistema operacional LINUX, programação em shell (bash), alinhamento pareado de sequências, BLAST
UNIX Guide
Datei
EMBOSS Guide
Datei
Guide
Datei
file1.tgz
Datei
TAIR Genes GFF3
Datei
TAIR Proteins Fasta
Datei
TAIR cDNA Fasta
Datei
README
Datei
Quizz 2
Test
Bash Scripting Tutorial for Beginners
Link/URL
Bash script BLAST
Aufgabe
Nicht verfügbar, außer: Sie sind in
T-CEN5789-1
desconocido.nuc.fa
Datei
BAK64065
Datei
TAIR Gene FASTA
Datei
Aula teórica 2: Genômica: fluxo de informação na célula, estrutura de genomas, estratégias de sequenciamento de genomas
Leituras da semana
Textseite
DNA Replication
Link/URL
Transcription and Translation
Link/URL
How is Oxford Nanopore used? | WIRED
Link/URL
Sequencing DNA (or RNA) | Real-time, Ultra Long-Reads, Scalable Technology from Oxford Nanopore
Link/URL
Illumina Sequencing by Synthesis
Link/URL
Single Molecule Real Time Sequencing - Pacific Biosciences
Link/URL
Aula 2
Datei
Aula teórica 3: Alinhamento de sequências (pareado e múltiplo): algoritmos exatos e heurísticos
Leituras da semana
Textseite
Pre-projeto
Aufgabe
Profile HMMs for Sequence Alignment
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Quizz 3
Test
Aula 3
Datei
Aula 3 - DMRP
Datei
Aula teórica 4: Estratégias para a montagem de genomas de novo e guiado por referencia, diferencias, vantagens, tipos de dados. Avaliação de montagens.
Leituras da semana
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Aula 4 - DMRP
Datei
Aula 4
Datei
Aula prática 2: Montagem de genomas. Avaliação de montagens, Anotação de genomas
Genomics Guide
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qc1.fq.gz
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qc2.fq.gz
Datei
qc3.fq.gz
Datei
qc4.fq.gz
Datei
single_data.fastq.gz
Datei
Aula teórica 5: Anotação estrutural e funcional de genomas
Leituras da semana
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Aula 5
Datei
Aula teórica 6: Pangenoma e Genômica comparativa
Leituras da semana
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The Power of Comparative Genomics
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Aula prática 3: Bancos de dados de genes ortólogos, identificação de genes ortólogos e parálogos.
genomes.pep.tar.gz
Datei
Comprative Genomics Guide
Datei
Aula teórica 7: Transcriptômica: anotação genomas, análise de expressão diferencial de genes, redes de co-expressão
Leituras da semana
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Aula prática 4: Análise de dados de transcriptómica e introdução a linguagem R
Expression data 1st part- Salmon
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DataProcessing updated
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Expression clusters
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Aula teórica 8: Composição de microbiomas: analise taxonômico
Leituras da semana
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Aula teórica 9: Metagenômica
Leituras da semana
Textseite
Apresentação de projeto semestral
Apresentação projeto final
Aufgabe
Artigo Projeto Final
Aufgabe
Apresentações
Datei
Avaliação apresentações projetos
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