• Projeto de 'Dissecação' Molecular


    Instruções Gerais:


    • Para este projeto, faremos uma 'dissecação' molecular. Em outras palavras, dada uma sequência biológica desconhecida, vamos extrair o máximo de informações que pudermos da sequência, empregando quase todas as ferramentas que usamos no curso.
    • Para este projeto, os roteiros das práticas ficarão disponíveis para consulta, caso vocês desejem.
    • O projeto deve ser feito em duplas e entregue na forma de um relatório sucinto (<= 5 páginas), com as informações sobre a sequência biológica que vocês receberão.
    • Defina a sua dupla e me enviem um e-mail dizendo quem é a dupla que fará o projeto. Eu responderei à mensagem criando um grupo no moodle para que vocês consigam enviar o projeto pelo moodle e, no mesmo email, enviarei a sequência que vocês usarão no projeto.
    • O relatório deverá ser entregue até o dia 07/07/2023, dia da prova P2.

    Instruções Específicas:


    Dada a sequência biológica que vocês irão receber:

    1)     Faça uma busca no banco de dados NCBI por sequências referência selecionadas;

    2)    Produza um bom alinhamento múltiplo com estas sequências;

    3)     A partir do seu alinhamento múltiplo, faça uma análise filogenética das sequências que você encontrou no seu alinhamento múltiplo. Utilize o método da junção de vizinhos (neighbor joining), com validação por Bootstrap. A sequência que você recebeu é mais próxima, evolutivamente, de que organismos? Você consegue observar uma boa separação entre sequências de eucariotos/procariotos, se for o caso? Sua análise possui um bom suporte de bootstrap?

    4)    A sequência que você recebeu possui predição de hélices transmembrana? E sítios de glicosilação? Que outras informações podemos obter a partir da sequência somente?

    5)    Faça a predição da estrutura da proteína cuja sequência você recebeu. A predição é confiável? Por quê?

    6)      Faça uma busca da sua sequência no banco de dados KEGG (https://www.genome.jp/tools/fasta/). É possível associar:

    a.     Uma função à sequência que você recebeu?
    b.     Ela participa de alguma rede metabólica? Se sim, qual?
    c.     Caso sua sequência seja de uma enzima, que reação ela catalisa? Quais os substratos/produtos? Qual o código enzimático desta enzima (E.C)?
    d.     Quais genes aparecem nas adjacências do gene codificante para esta enzima no genoma deste organismo?
    e.     Se você consultar o BLAST empregando como sequência de busca a sequência de nucleotídeos do gene que codifica para esta proteína, você consegue identificar por quantos exons ela é constituída?
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