BIO0313 - Genética Evolutiva (2018)

Questões dirigidas ao autor

Deposite as questões de seu grupo a respeito do paper no arquivo "Questões para Jonathan Romiguier". Elas poderão ser editadas e discutidas ao longo da aula, e também após ela.

Questões sobre motivação e métodos

1. Estudos pioneiros sobre a diversidade genética concluíram que ela, de modo geral, não parece ser relacionar de modo simples com a abundância de uma espécie, com espécies abundantes muitas vezes possuindo baixa diversidade e espécies pouco abundantes possuindo diversidade comparativamente alta. Isso levou à formulação do "paradoxo da diversidade", por Richard Lewontin. Quais seriam, à primeira vista, respostas para tentar explicar o descompasso entre abundância e diversidade?

2. Uma motivação importante para o estudo dos determinantes da variação genética é que tal variação  influencia diversos fatores biológicos, alguns com relevância evolutiva e outros até com relevância prática. Discuta alguns desses fatores, pois eles ajudam a entender porque vale a pena se debruçar sobre os fatores que determinam a variabilidade genétiac.

3. Descreva sucintamente a estratégia de amostragem taxonômica e genética usadas por Romiguier (quais dados genéticos foram usados). 

Num estudo dessa dimensão, é necessário considerar o possível impacto de alguns fatores confundidores (que podem gerar um sinal, mas de modo espúrio). Comente como foram tratados os seguintes fatores, para excluir a chance deles explicarem os padrões encontrados.

(a) Qualidade de dados de sequenciamento

(b) Amostragem de indivíduos e genes

(c) Conjunto de genes usado 

4. Descreva os "life history traits" usados na análise, assim como os indicadores para medir história demográfica recente (distâncias, Fit, invasive status, etc).

Interpretação dos resultados

6. O trabalho de Romiguier contrasta muito duas classes de fatores como explicativos: por um lado há a "historical contingency" e por outro temos "life history traits". Explique que fatores biológicos estão por trás de cada um desses fatores. Eles são mutuamente exclusivos? Há alguma expectativa prévia sobre qual deve dominar os efeitos sobre o nível de polimorfismo? Qual a principal mensagem do artigo sobre a importância relativa de cada um desses fatores? Refira-se à figura 2 em sua resposta.

7. O padrão encontrado, de maior variação genética em estrategistas r, poderia ser explicado por uma taxa de mutação aumentada nesse grupo? A variação taxonômica em níveis de recombinação poderia explicar os padrões encontrados?

8. Os autores também analisaram a relação entre a taxa pi_n/pi_s com relação com os traços de história de vida. Que padrão encontraram, e qual a relevância desses achados para a nossa compreensão das teorias neutra e quase-neutra?

9. Os autores dizem que o gradient r/K explicar tanto da variação genética é surpreendente, e buscam uma explicação para isso. Porque é surpreendente? A explicação dada é satisfatória? Quais suas implicações ecológicas?