Indice degli argomenti

  • Introduzione

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  • Apresentação da disciplina

    Universidade de São Paulo – 2023s2

    disciplina Biologia Molecular Computacional − QBQ2507/IBI5035

    Prof. João Carlos Setubal (setubal@iq.usp.br)

    Prof. Eduardo Reis (emreis@iq.usp.br)

     

    Início: 10 de agosto de 2023; final: 21 de dezembro de 2023

    Local: Sala 608 do bloco 6 inferior  e Sala Multi-Mídia, bloco 1 superior do Instituto de Química

    Horário: 5af as 9h

    Versões PDF das aulas estão disponibilizadas no site https://edisciplinas.usp.br/ e http://www.iq.usp.br/setubal/bmc/2023  

    Monitor: Rafael de Oliveira Faria  faria@usp.br

    Avaliação. Será feita com base nas avaliações dos profs. Setubal (A1) e Eduardo (A2).

    Fórmula da nota:  (A1 + A2)/2

    A1: (prova (P1) + tarefa prática (TP))/2

    A2: Exercícios e tutoriais

    Nas aulas do Prof. Eduardo serão realizados tutoriais cuja entrega contará como parte da avaliação

    Para alunos de pós-graduação (IBI5035): Intervalos para conversão de médias finais para conceitos

    [8 ..10]: A

    [6.5 .. 8): B

    [5 .. 6.5): C

    abaixo de 5: D

     

    Para alunos de graduação (QBQ2507): recuperação será possível apenas para os alunos com pelo menos 3,0 de nota final e que tenham feito a prova, entregue a tarefa prática e pelo menos um exercício do prof. Eduardo, nos prazos estabelecidos.

     

    Conhecimento prévio necessário:

    ●       Noções básicas de biologia molecular

    ●       Uso de computadores (windows, mac, ou linux) e navegação web

    Páginas web da disciplina:

    https://edisciplinas.usp.br/

    http://www.iq.usp.br/setubal/bmc/2023


  • Conteúdo e Cronograma

    Conteúdo e Cronograma (sujeito a mudanças, que serão avisadas em aula e no site da disciplina)

    Datas importantes

    10/8: primeira aula

    21/12: última aula

    24/10: até meio dia (hora de Brasília): entrega da Tarefa Prática

    22/12: até 23h (hora de Brasília): entrega de exercícios do prof. Eduardo

    10 ago Apresentação da disciplina e da TP

    João Setubal (monitor e/ou Suzana Guima)

    17 ago Comparação de sequências, aula 1

    João Setubal

    24 ago Comparação de sequências, aula 2

    João Setubal

    31 ago Comparação de sequências, aula 3

    João Setubal

    7 set  semana da pátria; não haverá aula

     

    14 set  Comparação de sequências, aula 4; filogenia aula 1

    João Setubal

    21 set  filogenia aula 2

    João Setubal

    28 set  Análise de Microbiomas: 16S

    João Setubal

    05 out Análise de Microbiomas: shotgun

    João Setubal

    12 out feriado; não haverá aula

     

    19 out Prova

    João Setubal

    24 out – prazo de entrega da Tarefa Prática – meio-dia, hora de SP

    ---

    26 out - Regulação da expressão gênica na era ômica

    Eduardo Reis

    2 nov -  feriado; não haverá aula

     

    9 nov - análise de transcritomas- RNAseq (tutorial)

    Eduardo Reis

    16 nov - análise de células únicas (tutorial)

    Eduardo Reis

    23 nov - bancos de dados genômicos (tutorial)

    Eduardo Reis

    30 nov - análise de enriquecimento de categorias gênicas (tutorial)

    Eduardo Reis

    7 dez – estrutura de RNAs (tutorial)

    Eduardo Reis

    14 dez - microRNAs e redes regulatórias da expressão gênica (tutorial)

    Eduardo Reis

    21 dez - análise global de elementos regulatórios da expressão gênica (tutorial)

    Eduardo Reis

    22 dez – prazo de entrega dos exercícios do prof. Eduardo – 23h, hora de SP

     



  • Bibliografia

    Bibliografia

    Disponíveis na biblioteca do conjunto das Químicas:

    Bioinformatics. Baxevanis and Ouellette (Eds.) Wiley-Interscience, 2005 (3rd edition)

    D. Mount. Bioinformatics. CSHL Press, 2004 (2nd edition)

    T. A. Brown. Genomes 4. Garland Science; 4th edition, 2017 (a biblioteca tem a 3a edição)

    A. Mushegian. Foundations of comparative genomics. Academic Press, 2007.

    Cristianini and Hahn. Introduction to computational genomics. Cambridge University Press, 2006.

    J.C. Setubal. Similarity Search (theory), chapter A05. In A. Gruber, A. M. Durham, C. Huynhtop, and H. del Portillo (Eds.) Bioinformatics in Tropical Disease Research: A Practical and Case-Study Approach. Bethesda (MD): National Library of Medicine (US), NCBI; 2008. online em http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK6831



  • Aulas Prof. João Setubal

  • Aulas Prof. Eduardo Reis