Programação
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Universidade de São Paulo – 2023s2
disciplina Biologia Molecular Computacional − QBQ2507/IBI5035
Prof. João Carlos Setubal (setubal@iq.usp.br)
Prof. Eduardo Reis (emreis@iq.usp.br)
Início: 10 de agosto de 2023; final: 21 de dezembro de 2023
Local: Sala 608 do bloco 6 inferior e Sala Multi-Mídia, bloco 1 superior do Instituto de Química
Horário: 5af as 9h
Versões PDF das aulas estão disponibilizadas no site https://edisciplinas.usp.br/ e http://www.iq.usp.br/setubal/bmc/2023
Monitor: Rafael de Oliveira Faria faria@usp.br
Avaliação. Será feita com base nas avaliações dos profs. Setubal (A1) e Eduardo (A2).
Fórmula da nota: (A1 + A2)/2
A1: (prova (P1) + tarefa prática (TP))/2
A2: Exercícios e tutoriais
Nas aulas do Prof. Eduardo serão realizados tutoriais cuja entrega contará como parte da avaliação
Para alunos de pós-graduação (IBI5035): Intervalos para conversão de médias finais para conceitos
[8 ..10]: A
[6.5 .. 8): B
[5 .. 6.5): C
abaixo de 5: D
Para alunos de graduação (QBQ2507): recuperação será possível apenas para os alunos com pelo menos 3,0 de nota final e que tenham feito a prova, entregue a tarefa prática e pelo menos um exercício do prof. Eduardo, nos prazos estabelecidos.
Conhecimento prévio necessário:
● Noções básicas de biologia molecular
● Uso de computadores (windows, mac, ou linux) e navegação web
Páginas web da disciplina:
http://www.iq.usp.br/setubal/bmc/2023
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Conteúdo e Cronograma (sujeito a mudanças, que serão avisadas em aula e no site da disciplina)
Datas importantes
10/8: primeira aula
21/12: última aula
24/10: até meio dia (hora de Brasília): entrega da Tarefa Prática
22/12: até 23h (hora de Brasília): entrega de exercícios do prof. Eduardo
10 ago Apresentação da disciplina e da TP
17 ago Comparação de sequências, aula 1
João Setubal
24 ago Comparação de sequências, aula 2
João Setubal
31 ago Comparação de sequências, aula 3
João Setubal
7 set semana da pátria; não haverá aula
14 set Comparação de sequências, aula 4; filogenia aula 1
João Setubal
21 set filogenia aula 2
João Setubal
28 set Análise de Microbiomas: 16S
João Setubal
05 out Análise de Microbiomas: shotgun
João Setubal
12 out feriado; não haverá aula
19 out Prova
João Setubal
24 out – prazo de entrega da Tarefa Prática – meio-dia, hora de SP
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26 out - Regulação da expressão gênica na era ômica
Eduardo Reis
2 nov - feriado; não haverá aula
9 nov - análise de transcritomas- RNAseq (tutorial)
Eduardo Reis
16 nov - análise de células únicas (tutorial)
Eduardo Reis
23 nov - bancos de dados genômicos (tutorial)
Eduardo Reis
30 nov - análise de enriquecimento de categorias gênicas (tutorial)
Eduardo Reis
7 dez – estrutura de RNAs (tutorial)
Eduardo Reis
14 dez - microRNAs e redes regulatórias da expressão gênica (tutorial)
Eduardo Reis
21 dez - análise global de elementos regulatórios da expressão gênica (tutorial)
Eduardo Reis
22 dez – prazo de entrega dos exercícios do prof. Eduardo – 23h, hora de SP
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Bibliografia
Disponíveis na biblioteca do conjunto das Químicas:
Bioinformatics. Baxevanis and Ouellette (Eds.) Wiley-Interscience, 2005 (3rd edition)
D. Mount. Bioinformatics. CSHL Press, 2004 (2nd edition)
T. A. Brown. Genomes 4. Garland Science; 4th edition, 2017 (a biblioteca tem a 3a edição)
A. Mushegian. Foundations of comparative genomics. Academic Press, 2007.
Cristianini and Hahn. Introduction to computational genomics. Cambridge University Press, 2006.
J.C. Setubal. Similarity Search (theory), chapter A05. In A. Gruber, A. M. Durham, C. Huynhtop, and H. del Portillo (Eds.) Bioinformatics in Tropical Disease Research: A Practical and Case-Study Approach. Bethesda (MD): National Library of Medicine (US), NCBI; 2008. online em http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK6831
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Por favor coloquem na planilha acima os resultados obtidos pelo seu grupo após a analise dos dados de RNAseq.
Segue a distribuição dos resultados obtidos pelos grupos. Notem que houve variação no numero de genes significativos (DEGs) entre os grupos, mas com valores proximos da mediana (mostrada no grafico). Exceção para um valor outlier.
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O PDF com o tutorial se encontra na pasta de entrega