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QBQ2505 - Biologia Estrutural (2023)
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QBQ2505-2023
Simulações de dinâmica molecular
Exercício 5
Exercício 5
Exercício sobre minimização de energia para ser realizado com o programa UCSF Chimera
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Avisos
Informações Gerais e Cronograma
Notas e Médias Finais
Sugestão de Leitura - Aulas 1 e 2
Sugestão de Leitura - Estabilidade de Proteínas
Texto - Estabilidade de Proteínas
Slides - Estrutura de Proteínas e Classificação
Slides de Aula - Estabilidade de Proteínas
Comentários sobre a Resolução do Exercício 1
Notas - Exercício 1
Breve descrição de difração de raios X por cristais
Links para vídeos sobre cristalografia
Cristais e simetria
Representação vetorial de ondas
Difração por um cristal
Jan Drenth: Principles of Protein X-ray Crystallography
Gale Rhodes: Crystallography made crystal clear
Somar ondas
Sites para baixar Pymol, Coot e Phenix
Tutoriais sobre o uso de Pymol e UCSF Chimera
Cristalografia - Estimando as fases até o modelo final
Projeto: Determinação da estrutura de lisozima (ENTREGAR ATÉ 08 de JUNHO)
Modelo polyA
lysozyme_intensities.mtz
lysozyme_intensities.ref
datacollection_log.txt
lysozyme_seq_fasta
ENTREGA DE DOCUMENTOS
Notas de aula
Provinha 2
Texto de revisão sobre GroEL/GroES
Reportagem sobre AlphaFold
Slides de aula - teoria
Capítulo sobre RMN de proteínas
Figura
Slides de aula - RMN nD heteronuclear
Slides de aula
Interações intermoleculares
Link do video 1 sobre o exercício de DM
Link do video 2 sobre o exercício de DM
Videoaula sobre dinâmica molecular - Parte 1
Videoaula sobre dinâmica molecular - Parte 2
Tarefa sobre dinâmica molecular
Trajetória hélice
Trajetória beta
Slides da Aula sobre SAXS
Slides da Aula sobre Predição da Estrutura Terciária de Proteínas
Mini-tutorial - PyMOL
Notas - Exercícios
Lista de exercicio 1
Lista de exercicio 2
Lista de exercício 3
Lista de exercício 4
Lista de exercício 5
Lista de exercício 6
Lista de exercício 7
Videoaula sobre dinâmica molecular - Parte 1 ►