Topic outline
- General
- Aula teórica 1: Introdução a disciplina e Bancos de dados biológicos e Ferramentas básicas de bioinformática
- Aula prática 1: Introdução no sistema operacional LINUX, programação em shell (bash), alinhamento pareado de sequências, BLAST
- Aula teórica 2: Genômica: fluxo de informação na célula, estrutura de genomas, estratégias de sequenciamento de genomas
- Aula teórica 3: Alinhamento de sequências (pareado e múltiplo): algoritmos exatos e heurísticos
- Aula teórica 4: Estratégias para a montagem de genomas de novo e guiado por referencia, diferencias, vantagens, tipos de dados. Avaliação de montagens.
- Aula prática 2: Montagem de genomas. Avaliação de montagens, Anotação de genomas
- Aula teórica 5: Anotação estrutural e funcional de genomas
- Aula teórica 6: Pangenoma e Genômica comparativa
- Aula prática 3: Bancos de dados de genes ortólogos, identificação de genes ortólogos e parálogos.
- Aula teórica 7: Transcriptômica: anotação genomas, análise de expressão diferencial de genes, redes de co-expressão
- Aula prática 4: Análise de dados de transcriptómica e introdução a linguagem R
- Aula teórica 8: Composição de microbiomas: analise taxonômico
- Aula teórica 9: Metagenômica
- Apresentação de projeto semestral