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BMM5729 - Análise Sistêmica e Engenharia do Metabolismo Microbiano (2020)
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BMM5729-2020
COBRA - Constraint Based Reconstruction Analysis
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Programa Preliminar BMM5729
Texto Metabolismo
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Aula MetabolismoI- heterotrofico
Link Aula 1 Metabolismo
Link aula Metabolismo II – autotróficos 13
aula metabolismo II autotróficos
Arquivo com vias heterotroficas adicionais
Link para Aula 2 - Metabolismo autotrófico
Metabolismo III Biossíntese F 2020
Aula Metabolismo III - Biossíntese
Tabela Neidhardt
Video aula 1 - redes metabólicas
Vídeo Aula 2 - Redes Metabólicas (15.05.20200
Slides Redes Metabólicas
Planilha final
Vídeo aula 3 - Redes metabólicas
Bioprocessos Microbianos
Texto Rafael Nahat
Bioprocesso Microbianos 2
Bioprocessos 2 - V2 - Aula Rafael
Bioprocesso 3
Bioprocessos 4
Aula Rafael 20.05.2020
Aula Rafael 22.05.2020
Vídeo Aula 3 Rafael
Video Aula 4 Rafael
Exercício - Planilha Original
Exercício - Gabarito Parcial
Exercício - Gabarito até Ex. 4
Exercício 1 a 6 - Planilha
Exemplo Monte Carlo
Exercicio 1 a 6 Gabarito
Aula Carol - Balanços Elementos e Redox
Capítulo Livro 1
Capítulo Livro 2
Capítulo de Livro 3
Exemplo feito em aula no octave
Exercicio - Slide 27
Vídeo Aula Carol
Cinética Bioprocessos
Modelo Batelada
Octave baletada
Octave fbatelada
Modelo Batelada Alimentada
Octave Batelada Alimentada
Octave fbatalim
Modelo Continuo
Octave Continuo
Octave fcontinuo
Vídeo Aula Rosane
slides Aula Rosane
Octave Continuo 2
Octave fcontinuo 2
Aula Juliana
Aula Rafael
Figura 3D - Rafael
Vídeo Aula Reconstrução Rede Metabólica
Aula Carol - Estado estacionário
Imagem rede B. sacchari
Rede B. sacchari - Metatool
Scripts do Metatool para Octave
Script com exemplos e exercicio feito em aula
Script com comandos usados em aula para rodar o Metatool
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E. coli core
Exemplo script
Vídeo da aula
Modelo Linear
Aula_Galo
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Vídeo aula 2
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Metatool
PHBHHxBsacchari
Vídeo Aula 1
Script Octave otimogreg
Script Octave fungreg
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PHBHHxBsacchariSophaJOUT
Vídeo Aula 2
Slides da aula
Vídeo da aula
Ex_1
1_aula_13CMFA
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2_aula_13CMFA
EX 2
Vídeo Aula 2
Arquivo em pdf da aula de Redirecionamento de fluxos metabólicos
video da aula de Redirecionamento
Slides aula
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Instruções para o Trabalho
Mendonça et al 2017
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