Tente responder a todas as questões abaixo, em discussão com seu grupo. Escolha uma para fazer uma breve apresentação para a classe.

1. No caso do estudo do FOXP2, a distribuição filogenética da substituições não-sinônimas está sendo usada para fazer inferências sobre seleção. Esse teste parece confiável? Ele identifica seleção em qual escala de tempo?

2. Ainda no estudo do FOXP2, há interesse em identificar a ocorrência de um "sweep", ou "varredura", que é o que ocorre quando um alelo inicialmente raro se torna comum. Tente entender a lógica de como um sweep modal a diversidade genômica e como isso foi usado para identificar a ocorrência de seleção em humanos,  no FOXP2. (Eu posso ajudar). Que informação nova foi dada por esse teste, que complementa o que já se sabia usando os resultados do dN/dS?
Há material para sobre sweeps aqui:
Comente de que modo os achados descritos corroboram a hipótese de seleção e ajudam a identifica quando ela ocorreu.

3. No caso do FOXP2 identificou-se seleção analisando a razão dN/dS entre humanos e outras espécies para um gene específico. Imagine que você pudesse sequenciar os genomas inteiros de várias espécies. Que tipo de questão evolutiva poderia responder ao analisar o dN/dS para esse vasto número de genes, em tantas espécies diferentes?

4. Agora vamos ao estudo dos exomas de Chineses e Tibetanos. Explore as figuras 1 e 2 do paper. Elas tratam da diferenciação populacional para vários genes. Tente explicar a lógica por trás da premissa de que a diferenciação pode ser informativa sobre a ação da seleção. Com minha ajuda, explique o teste usado chamado PBS, que identifica em qual linhagem evolutiva ocorreu o evento de seleção.

5. Claramente há uma diferenciação grande entre Tibetanos e Chineses para os SNPs do EPAS1. Uma explicação possível para alta diferenciação entre duas populações num gene é deriva, outra é seleção. Como decidir se é uma ou outra?  Afinal, não é teoricamente plausível que simplesmente por deriva duas populações atinjam diferenças de frequência muito grande para um gene?

6. Você achou convincente a evidência de seleção natural sobre o EPAS1 de Tibetanos? A abordagem apresentada no paper responde à questão básica sobre evolução adaptativa referente ao ambiente de altitude?


Última atualização: domingo, 2 dez. 2018, 22:15