Programação
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Nessa primeira aula vamos nos familiarizar com o modo como evolucionistas pensam.
O texto de Losos trata de definições do que é evolução, e quais são algumas questões que evolucionistas abordam. O texto de Gregory apresenta as evidências que sustentam nossa compreensão de que a evolução de fato ocorre.
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Capítulo extraído de: Donoghue, Michael J., et al. The Princeton Guide to Evolution. Edited by Jonathan B. Losos et al., Princeton University Press, 2014. JSTOR, www.jstor.org/stable/j.ctt4cgc5m.
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Capítulo extraído de: Donoghue, Michael J., et al. The Princeton Guide to Evolution. Edited by Jonathan B. Losos et al., Princeton University Press, 2014. JSTOR, www.jstor.org/stable/j.ctt4cgc5m.
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- Natureza de dados genéticos
- Cálculo de frequências alélicas e genotípicas
- O modelo básico: proporções sob Hardy-Weinberg
- Desvios de HW: endogomia, cruzamento preferencial, estrutura populacional, seleção
- Exercício: proporções de HW e análise de uma amostra genômica humana (only)
- Uma leitura extra: um post meu sobre o papel de modelos (como o de HW) no estudo da natureza.
Leitura de apoio: N & S: páginas 1-20.
Exercício para apresentar na próxima aula: para o exercício 4, vocês vão precisar dos seguintes dados: https://edisciplinas.usp.br/pluginfile.php/4470434/course/section/5809578/chr21_curto.dat https://edisciplinas.usp.br/pluginfile.php/4470434/course/section/5809578/chr21_longo.dat
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- Discussão do exercício de HW, tirar dúvidas da aula anterior.
- Apresentação do conceito básico de seleção natural e do modelo determinístico.
Leitura: Theory of selection in populations", de Kent Holsinger
- Discussão do exercício de HW, tirar dúvidas da aula anterior.
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Duas leitura básicas sobre deriva genética: "Genetic Drift" de P. Hedrick e artigo curto sobre deriva de J. Masel.
Leitura para discussão: texto sobre deriva em populações humanas de Prugnolle e colaboradores.
Conteúdo da aula: conceito básico de deriva genética
- O modelo Wright-Fisher de deriva genética
- Pensando em termos de processos estocásticos
- Probabilidade de fixação de uma mutação sobre deriva
- Roteiro para simulação de deriva genética
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Nesta aula vamos rever conceitos sobre deriva, discutir a teoria neutra e suas previsões sobre diversidade e taxa de substituição.
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Na aula iremos discutir a interação entre seleção e deriva e um paper que explora essa interação para compreender a evolução de características genômicas, o paper de Lynch e Conery, 2003.
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O objetivo desta aula é tomar contato com estudos que usam dados moleculares para identificar casos de genes que evoluíram sob seleção natural. Iremos investigar métodos baseados em:
- comparação de taxas sinônimas e não sinônimas (dN/dS)
- análise de diferenciação populacional (estimado pela estatística Fst)
- comparação de taxas sinônimas e não sinônimas (dN/dS)