%% Comandos usados na aula para utilizar o metatool

%%% Ordem metabolitos (linhas): G6P, G3P, PIR, AcCoA, CO2, O2, R5P
N = [1 -1 0 0 0 0 0 0 -1 0 1;
     0 1 -1 0 0 0 0 0 0 1 -1;
     0 1 1 -1 0 0 0 0 0 0 0;
     0 0 0 1 -2 -1 0 0 0 0 0;
     0 0 0 1 0 2 -1 0 1 0 0;
     0 -.5 -.5 -.5 0 -2 0 1 0 -1 0;
     0 0 0 0 0 0 0 0 1 -1 0];
     
%% Para conseguir utilizar o metatool do diretorio atual:
addpath('/home/carol/Documents/Aula/script-files');    %coloque o caminho da pasta onde estao os seus arquivos do metatool

%%% Para calcular usando a apenas a matriz de metabolitos internos:
%% 1) criar uma estrutura com a matriz estequiometrica e um vetor linha com 
%%    indicando se o fluxo (na mesma ordem que na matriz) e irreversivel (1) ou 
%%    reversivel (0)
bs.st = N;     % matriz estequiometrica
nr = length(N(1,:));     % pega o numero de colunas (reacoes) de N 
bs.irrev_react = ones(1,nr)   % cria um vetor linha com nr reacoes, todas irreversiveis (1)

%% 2) Rodar o metatool:
out = metatool(bs);

%% 3) Gerar matrix de efms com todas as reacoes:
out.ems = out.sub'*out.rd_ems;      % linhas sao reacoes e colunas sao efms
%% Para ver linhas como efms e colunas como reacoes
out.ems' 

%%% Para calcular a partir de um arquivo (com o arquivo no diretorio ativo):
%% 1) ler o arquivo de entrada:
bs = parse('PHBHHxBsacchariSophaJ.dat');

%% 2) Rodar o metatool:
out = metatool(bs);     % ou
out = metatool(bs, 'out_bs.dat');   % se quiser gerar o arquivo de saida em forma de texto (sera salvo no diretorio atual)

%% 3) Gerar matrix de efms com todas as reacoes:
out.ems = out.sub'*out.rd_ems;      % linhas sao reacoes e colunas sao efms
%% Para ver linhas como efms e colunas como reacoes
out.ems'