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CEN5789 - Genômica e Bioinformática (2019-II)
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Cours
2019
CENA
CEN
CEN5789--2019-II
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Généralités
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Avisos
Forum
Programação Semanal Temas Teóricos
Fichier
Apresentação
Devoir
Grupos
Fichier
Dúvidas
Forum
Nota final
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Aula teórica 1: Introdução a disciplina e Bancos de dados biológicos e Ferramentas básicas de bioinformática
Leituras da semana
Page
Bioinformatics explained
URL
Bioinformatics: What? Why? Who?
URL
Inner Life of the Cell (Full Version - Narrated)
URL
DNA Replication
URL
Transcription and Translation
URL
Quizz1
Test
Aula 1
Fichier
Aula prática 1: Introdução no sistema operacional LINUX, programação em shell (bash), alinhamento pareado de sequências, BLAST
UNIX Guide
Fichier
EMBOSS Guide
Fichier
Guide
Fichier
file1.tgz
Fichier
TAIR Proteins Fasta
Fichier
TAIR Genes GFF3
Fichier
TAIR cDNA Fasta
Fichier
README
Fichier
Quizz 2
Test
Bash Scripting Tutorial for Beginners
URL
Bash script BLAST
Devoir
desconocido.nuc.fa
Fichier
TAIR Gene FASTA
Fichier
BAK64065
Fichier
Retrieve annotated proteins in fasta format from a single replicon
Fichier
Aula teórica 2: Genômica: fluxo de informação na célula, estrutura de genomas, estratégias de sequenciamento de genomas
Leituras da semana
Page
DNA Replication
URL
Transcription and Translation
URL
How is Oxford Nanopore used? | WIRED
URL
Sequencing DNA (or RNA) | Real-time, Ultra Long-Reads, Scalable Technology from Oxford Nanopore
URL
Illumina Sequencing by Synthesis
URL
Single Molecule Real Time Sequencing - Pacific Biosciences
URL
Aula 2 - Grupo 7
Fichier
Aula teórica 3: Alinhamento de sequências (pareado e múltiplo): algoritmos exatos e heurísticos
Profile HMMs for Sequence Alignment
URL
Leituras da semana
Page
Quizz 3
Test
Aula 3 - DMRP
Fichier
Pre-projeto
Devoir
Aula 3
Fichier
Aula teórica 4: Estratégias para a montagem de genomas de novo e guiado por referencia, diferencias, vantagens, tipos de dados. Avaliação de montagens.
Leituras da semana
Page
Aula 4 - DMRP
Fichier
Aula 4
Fichier
Aula prática 2: Montagem de genomas. Avaliação de montagens, Anotação de genomas
Genomics Guide
Fichier
qc1.fq.gz
Fichier
qc2.fq.gz
Fichier
qc3.fq.gz
Fichier
qc4.fq.gz
Fichier
single_data.fastq.gz
Fichier
Aula teórica 5: Anotação estrutural e funcional de genomas
Leituras da semana
Page
Aula 5
Fichier
Aula teórica 6: Pangenoma e Genômica comparativa
Leituras da semana
Page
The Power of Comparative Genomics
URL
Aula
Fichier
Aula prática 3: Bancos de dados de genes ortólogos, identificação de genes ortólogos e parálogos.
genomes.pep.tar.gz
Fichier
Comprative Genomics Guide
Fichier
Comparative Genomics OMA
Devoir
Aula teórica 7: Transcriptômica: anotação genomas, análise de expressão diferencial de genes, redes de co-expressão
Leituras da semana
Page
Aula 7
Fichier
Aula prática 4: Análise de dados de transcriptómica e introdução a linguagem R
Stranded vs unstranded RNASeq libraries
Fichier
RNASeq part 2
Fichier
Script to compute Expression levels
Fichier
Salmon Results
Fichier
Script RNASeq
Fichier
Aula teórica 8: Composição de microbiomas: analise taxonômico
Leituras da semana
Page
Aula teórica 9: Metagenômica
Leituras da semana
Page
Aula 9 - DMRP
Fichier
Apresentação de projeto semestral
Apresentação projeto final
Devoir
Artigo Projeto Final
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